gffread - gtf/gff文件转fasta序列

今天有一个需求，就是要将gtf中的转录本转成fasta序列，一开始是想着用bedtools getfasta实现，awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools，但是结果发现bedtools是单纯按照坐标取出来的，也懒得自己写脚本取了，搜一下发现cufflinks中有个程序可以实现。

如上图所示，“ENSMUST00000082908.1”转录本是这两个exons，取出这个转录本的fasta序列其实就是这两个exons对应的序列位置，需要把两个序列连起来。比如说，exon1是 chr 1 10-50 : AAAAAAAAAA； exon2是chr 1 70-80: TTTTTTTTT（仅做例子）。那么取出来的序列为：AAAAAAAAAATTTTTTTTT。（exons中间空出的部分并没有真的转录出来）。

gffread可以直接实现这个功能，这来自于cufflinks（一直不知道这个老软件竟然还有这个功能），直接conda install cufflinks之后即可使用gffread。使用如下代码即可转换：

gffread transcripts.gtf -g reference.fasta -w transcripts.fasta​

转出来效果：

使用：

gffread -h

即可查看所有参数。