03.两组比较_差异基因数目展示
2022-05-05 本文已影响0人
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接下来两节会介绍两种比较新的图形,可能大多数做单细胞分析的小伙伴
没有见过
。
今天讲的这种图形是用来展示差异基因数目的,比如你的单细胞数据同时包含对照组
和实验组
,在做完前期的基础分析之后,得到了A B C D等共享的亚群,现在你想知道在A亚群中,实验组和对照组
比较有哪些差异基因,差异基因数目是多少。
下面这种图就很适合用来展示差异基因数目:
这张图是这么看的:左侧图是Arep
组相对于Brep
组高表达的基因,每一列
是一个亚群,每一行
是一个基因;基因又分为两个panel,下层panel
是unique基因,即该基因只在一个亚群的Arep VS Brep比较中出现,上层panel
是share的,即该基因至少在两个亚群的Arep VS Brep比较中出现。图中数字表示对应的基因数目
。右侧图是Arep组相对于Brep组低表达的基因。
这张图整体比较简单,难点主要是横轴亚群
、纵轴基因
的排序。我的代码中提供的排序规则是我自己的想法,排序方案并不唯一
。
图形改编自这篇文献:
- A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging
- https://doi.org/10.1016/j.devcel.2020.11.002
获取代码
这个系列都会采取限时公开
的方式共享代码,24小时
内是免费的。超过这个时间如何获取,公粽号后台回复2022A
可知(可能需要你动动小手转发一下)。
代码是从count
开始的,即使完全不懂单细胞,也能把图画出来,比较友好,希望对大家有用。代码和测试数据的网盘链接如下:
- 链接:https://pan.baidu.com/s/114toYWT2MlpbJilLkgs_ZQ
- 提取码:hx51