Linux环境下的软件安装

conda简介

我理解它相当于手机软件商店。
官方回应说conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

安装miniconda

cd biosoft/          切换到相应的目录
wget ftp://gsx.genek.tv/Share/linux_software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh     根据下载链接下载
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh                              运行conda

运行之后按照提示安装到默认环境下即可

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/home/bio05/miniconda3/bin/conda init      初始化conda
cd ~                                                             回到家目录
source .bashrc                                            激活运行conda

Snipaste_2020-10-18_18-07-21.png Snipaste_2020-10-18_18-12-38.png

但是此时还不能直接用conda来装我们生信所需要的软件，因为conda默认的仓库里主要是python的程序而不是我们生信的程序，所以我们需要配置仓库

配置仓库channels

vi .condarc 然后写入要添加的仓库（可直接复制教程上给的链接，只是我之前用这样子改顺手了）

  channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

show_channel_urls: true

保存退出即可使用conda。
至此conda安装配置完成

使用conda

1.查看当前服务器上安装的所有的软件列表
conda list

Snipaste_2020-10-18_18-36-01.png

2.搜索需要的软件
conda search fastqc

3.安装/升级/卸载软件

conda install fastqc                   安装
conda update fastqc                 升级
conda remove fastqc                 卸载

Snipaste_2020-10-18_18-37-39.png

conda可以安装的软件：
a.C或者C++等开发的软件
b.jave语言开发的软件
c. Bioconductor 里面的R包
d.perl开发的软件等

4.添加conda环境
有的软件在安装的时候，会有环境冲突，conda主环境安装的是python3.6，所以可能需要创建一个新的环境

conda info --envs                                                                    查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y      创建一个rna-seq 的新环境，指定python版本为3，安装软件fastqc   trimmomatic
conda info --envs                                                                    再次查看conda环境
conda activate rna-seq                                                           激活新的conda环境（此时用户名前面变成了rna-seq）                                         
fastqc                                                                                     检验新环境中的软件是否可以使用
conda deactivate                                                                   退出当前环境

附上一个很有用的关于conda的文章conda的安装与使用

思维导图笔记

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