生信星球培训第四十二期

学习小组day6——Kururu

2020-03-11  本文已影响0人  Kururu1799

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#镜像设置
> options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
> options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
#下载R包
> install.packages("dplyr")
试开URL’https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.6/dplyr_0.8.5.tgz'
Content type 'application/octet-stream' length 6859111 bytes (6.5 MB)
==================================================
downloaded 6.5 MB


The downloaded binary packages are in
    /var/folders/4_/75tx32bj5b93bfc5nx2k9w380000gn/T//RtmpMPgZm1/downloaded_packages
#调用R包
> library(dplyr)

载入程辑包:‘dplyr’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    filter, lag

The following objects are masked from ‘package:base’:

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

现在的test


dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列
> mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)#新增一列new
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species   new
1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa 17.85
2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa 14.70
3          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor 22.40
4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor 20.48
5          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica 20.79
6          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica 15.66
2.select(),按列筛选
(1)按列号筛选
> select(test,1)#筛选第一列
    Sepal.Length
1            5.1
2            4.9
51           7.0
52           6.4
101          6.3
102          5.8

> select(test,c(1,5))#筛选第一列和第五列
    Sepal.Length    Species
1            5.1     setosa
2            4.9     setosa
51           7.0 versicolor
52           6.4 versicolor
101          6.3  virginica
102          5.8  virginica
(2)按列名筛选
> select(test,Sepal.Length)#筛选一列
    Sepal.Length
1            5.1
2            4.9
51           7.0
52           6.4
101          6.3
102          5.8

> select(test, Petal.Length, Petal.Width)#筛选两列,中间是逗号
    Petal.Length Petal.Width
1            1.4         0.2
2            1.4         0.2
51           4.7         1.4
52           4.5         1.5
101          6.0         2.5
102          5.1         1.9

> vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
> select(test, one_of(vars))#one_of()是用来声明选择对象
    Petal.Length Petal.Width
1            1.4         0.2
2            1.4         0.2
51           4.7         1.4
52           4.5         1.5
101          6.0         2.5
102          5.1         1.9
3.filter()筛选行
filter(test, Species == "setosa")#筛选Species是setosa的行
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

> filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )#筛选Species是setosa且Sepal.Length > 5的行
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa

> filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))#筛选Species是setosa和versicolor的行
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
3          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
> arrange(test, Sepal.Length)#默认Sepal.Length按从小到大排序
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
2          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
3          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
4          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
5          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
6          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor

> arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc将Sepal.Length从大到小
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
1          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor
2          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
3          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica
4          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica
5          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa
6          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa
5.summarise():汇总,结合group_by使用实用性强
> summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
  mean(Sepal.Length) sd(Sepal.Length)
1           5.916667        0.8084965

> # 先按照Species分组,计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
> group_by(test, Species)
# A tibble: 6 x 5
# Groups:   Species [3]
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species   
*        <dbl>       <dbl>        <dbl>       <dbl> <fct>     
1          5.1         3.5          1.4         0.2 setosa    
2          4.9         3            1.4         0.2 setosa    
3          7           3.2          4.7         1.4 versicolor
4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor
5          6.3         3.3          6           2.5 virginica 
6          5.8         2.7          5.1         1.9 virginica 

> summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
# A tibble: 3 x 3
  Species    `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
  <fct>                     <dbl>              <dbl>
1 setosa                     5                 0.141
2 versicolor                 6.7               0.424
3 virginica                  6.05              0.354

dplyr两个实用技能

1:管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

引用于小洁的小洁详解《R数据科学》--第十三章 管道操作洲更大神的【R数据科学读书笔记】R语言中的管道操作

tidyverse的每个包都会自动加载管道操作符。但他是属于magrittr包,这个包中还包含几个其他的管道操作符。

管道不支持的情况

(1)不支持的函数:使用当前环境的、使用惰性求值的

(2)不适用的情况:/>10步、非单一对象、非单向关系

简单点说,就是类似于A > B > C > D 这种场景用管道比较好。

除了%>%这个好用的符号外,magrittr还提供了其他三个比较好用的符号,%$%%<>%%T>%

(1)%T>%:分支,该操作符后跟的独立的两步(用%>%)连接,可都运行。

(2)%$%:将数据框中的列炸成显式的向量,用于作用对象为向量的函数

(3)%<>%:赋值操作,我选择忘记这个。属于修改某列后重新赋值,我习惯于修改后赋值给新变量,或者用管道符号。

> test %>% 
+   group_by(Species) %>% 
+   summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
# A tibble: 3 x 3
  Species    `mean(Sepal.Length)` `sd(Sepal.Length)`
  <fct>                     <dbl>              <dbl>
1 setosa                     5                 0.141
2 versicolor                 6.7               0.424
3 virginica                  6.05              0.354
2:count统计某列的unique值
 count(test,Species)
# A tibble: 3 x 2
  Species        n
  <fct>      <int>
1 setosa         2
2 versicolor     2
3 virginica      2

dplyr处理关系数据

1.內连inner_join,取交集inner_join(test1, test2, by = "x")
2.左连left_joinleft_join(test1, test2, by = 'x') left_join(test2, test1, by = 'x') 注意这两种输出结果不一样
3.全连full_joinfull_join( test1, test2, by = 'x')
4.半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
5.反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
6.简单合并

bind_rows()函数需要两个表格列数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数

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