gtf转bed

gtf需要sort不？

需要特定工具转是因为gtf的起始坐标为1

bed的起始坐标为0

【1】sort的话：用igv的sort功能

【2】转：

gtf2bed < gene.sorted.gtf | head

gtf2bed < gene.sorted.gtf > gene.bed

gtf2bed < gene.sorted.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$4,$5,$6}' > gene_6.bed

gtf2bed < gene.sorted.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t| |;";OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$23,$5,$6}' > gene_6.bed