ATAC转座子序列

2018-06-27 本文已影响0人浩渺予怀

ATAC文库构建通常借助Illumina的Nextera®（Illumina）试剂盒，然而Nextera文库涉及的序列不同于其他形式的文库。

ATAC试验的模式图

Tn5切割

Tn5切割连接接头序列

Tn5接头序列

一、Tn5转座酶切割开放DNA

Tn5转座子切割相同的DNA片段并在片段两端添加如下序列，其中加粗斜体部分紧挨着文库的插入片段序列

序列如下:

5’ TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG

Read 1 ——>

5’ GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG

Read 2 ——>

可以发现Read1、Read2部分序列一致： AGATGTGTATAAGAGACAG

二、随后PCR扩增连接P5、P7接头

连接测序接头以锚定在flowcell芯片上的接头以供测序反应：

连接测序接头

序列如下：

5’ AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5]TCGTCGGCAGCGTC

5’ CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT[i7]GTCTCGTGGGCTCGG

三、完整文库结构

Index 2 (i5)5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACIIIIIIIITCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-NNNNNN-CTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACIIIIIIIIATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’ Index 1 (i7)

IIIIIIII: Index 2 (i5), 8 bases IIIIIIII: Index 1 (i7), 8 bases -NNNNNN-: 插入序列

测序模式图

四、如何过滤去接头？

如果截去接头序列需要在CTGTCTCTTATACACATCT位置截取，工具可以是cutadapt、trim_galore等类似可以自定义截去接头的软件。

五、参考资料

http://bioinformatics.cvr.ac.uk/blog/illumina-adapter-and-primer-sequences/

http://www.360doc.com/content/17/1218/22/19913717_714335567.shtml