Uniprot蛋白数据库本地建立
2019-11-29 本文已影响0人
小杜的生信筆記
Uniprot蛋白数据本地建立
下载相应的蛋白数据库（UniprotKB）
uniprotKB数据库：(https://www.uniprot.org/uniprot/）
进入UniProtKB网址
在搜索框中搜索你需要的职务的名称，进行搜索。
Download
在“Download”中进行下载，下载格式改为“FASTA (canonical & isoform),”
使用makeblastdb建库
#makeblastdb creat datebase
## UniportKB_
makeblastdb -in uniprot-Medicago+truncatula.fasta -dbtype prot -out UniprotKB_blastdb
## Swissprot_blastdb
makeblastdb -in uniprot-Medicago+truncatula.fasta -dbtype prot -out SwissProt_blastdb
结果得到
UnprotKB_blast
siwssprot_blastdb
Use blastx prediction the protein
blastx -db ../../../../UniprotKB/UniprotKB_blastdb -query non-coding-transcript.fa -evalue 1e-10 -out KB_output -outfmt 6
