jcvi.apps里的fetch模块使用介绍

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。
该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程

fetch模块里封装了好几个数据库的下载方式

• bisect: 搜索给定accession的版本，（目前没想到怎么用）
• ensembl: 从ENSEMBL上下载基因组和注释
• entrez: 从ENTREZ里获取记录
• phytozome: 从phytozome的FTP里下载基因组和注释
• pytozome10: 基于Globus的API从phytozome里下载基因组和注释, 需要额外配置
• sra: 调用wget从SRA的FTP里下载数据（感觉不如直接调用prefetch）

其中ensembl和phytozome是我比较喜欢的工具，因为它可以让我轻松地去下载一些注释得比较好的基因组。而且用法也很简单，直接输入python -m jcvi.apps.fetch ensembl或python -m jcvi.apps.fetch phytozome就会告诉你你可以下载哪些基因组，