R语言用列数据画PCA带椭圆图
2022-09-20 本文已影响0人
Seurat_Satija
之前找了很多信息，见到的都是用行画PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var这个函数，但这个函数椭圆我又死活加不上，再加上画椭圆时的分组信息又没法加在原数据里，纠结了很久。但最后还是被我试出来了。
先放个原数据格式：
image
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library("FactoMineR")
library("factoextra")
library("dplyr")
data = read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names = "gene_id")
这是分组信息
datagroup = read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")
t()用于转换矩阵行列，用起来方便省事
verdata = t(data)
res.pca <- PCA(verdata, graph = FALSE)
将同一组的individuals圈在一起
fviz_pca_ind(res.pca,
geom.ind = c("point","text"), # 显示点与文字 col.ind = datagroup$group, #以组分颜色，这里直接上面导入的group信息即可 palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #颜色 addEllipses = TRUE, #画椭圆 legend.title = "Groups" #分组名)
结果图：
image
