关于conda必须知道的一些事

这两天一直在捣鼓这个conda安装的事情。现在终于安装上，并且成功地用conda安装了我的第一个生信软件fastqc，期间遇到了非常多的问题，现记录如下：

1.必须知道为啥我们要用国内的镜像源。其实conda它有自己官方的源，但是因为一些原因，我们无法访问国外的网站，或者是在国内访问的速度特别慢，所以我们使用国内的镜像，这样下载速度会提高很多。通常大家都喜欢用清华大学的镜像：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

但是，我在使用清华大学的源的时候却总是不能下载软件，我上一篇里面也写了其中的一个报错问题的解决方法，就是把https改为http。
2.我在使用这个conda镜像时总是会有各种问题，虽然解决了第一个，第二个问题又来了

1.png
于是需要更新一下conda

conda update conda

若是还是报错那就用命令直接安装

conda install setuptools

3.有一个技巧就是，如果你会翻墙，那么会省去很多的麻烦，不用添加镜像，直接用官方的库，安装会非常顺利

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk

安装出现3个done就表示安装成功

2.png

这时候你就可以
输入

fastqc --help

查看一下