生信星球培训第五十期

2020-04-02 Day1

2020-04-03  本文已影响0人  加菲猫oudi

初识markdown

优雅简洁的文本记录体验

之前就有关注简述生信的帖子,进去之后,首先给我的印象就是帖子的格式,我自己也会记一些笔记,模仿分级记录、加粗、插入图片等方式,但只是在word 上去自己生硬的‘造’出类似的格式,很丑。今天进入生信星球的学习课程,第一次了解到markdown这样的文本记录方式,完美契合我想要的记录笔记的感觉!谢谢花花!

一些简单的练习

直接进入网站链接吧,以我最近在学习的GEO数据分析为例,首先感谢\color{#FF0000}{生信星球的豆豆和花花}
GEO再学习-GSE42872
文中详细的介绍了如何去下载GSE数据集,以及如何去下载实验平台数据,同时告诉我多数实验平台可以找到对应的R包,但其实我自也有试过一些没有对应包的实验平台,走到一半就不行了。其实在进行探针名基因名匹配时候,有一下几点问题:

  1. 探针和基因转换后,许多\color{#FF0000}{NA},应该如何去掉
  2. 对于将探针名和基因名匹配后得到的\color{#FF0000}{data.frame} ,有些人需要对其进行排序,这个地方也是疑问,为什么需要排序,如何去排序?
  3. 进行匹配和,如何将探针名对应到基因表达矩阵中,这是我最大的困惑
    当然除了这个探针基因名转换外,还有对于数据的\color{#FF0000}{质控},这个也很重要呀。
    就先列举这两个问题吧,当然还有许多疑问,但是

饭要一口一口吃,路要一步一步走

希望和豆豆、花花可以学习到解决问题的办法。

放一段代码吧,我的师兄说这个管道符号用的好,我还一脸懵逼,管道?

  mutate(genename=rownames(DEG)) %>% 
  dplyr::arrange(desc(logFC)) %>% 
  .$genename %>% .[1:50] 

加油学习吧?!!
配一张图,作为结束。


学习吧

\color{#FF0000}{自己开了个坏头,以后按时交作业}

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