DAVID&Metascape：专注于基因功能注
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相信小伙伴们通过我们前文的学习，都知道了如何从GEO数据库获得差异基因，链接：
手把手教你GEO数据库表达谱差异基因分析(上)：R版
、手把手教你GEO数据库表达谱差异基因分析(下)：GEO2R
而差异基因下一步想要进行功能富集分析该如何处理呢？今天的帖子，小编将为大家介绍两个功能富集分析网页版工具——DAVID和Metascape网站，这两个都是专注于基因功能注释和富集通路分析的网站。当然啦，如果你愿意用R去做富集分析，可以参考我们的这一个帖子：
富集分析的R包神器-ClusterProfiler使用
DAVID网站
界面介绍
先看第一个网站——DAVID网站，官方网址为：https://david.ncifcrf.gov/。输入网址后进入网站主页，DAVID网站左侧区域是其四个常用的工具，而常用的是功能注释和ID转换工具。
操作步骤
首先介绍DAVID网站的功能注释工具，点击“Functional Annotation”，在Step1中输入我们准备好的20个差异基因，按照步骤输入。值得注意的是，DAVID网站的基因输入首先不能是单个基因，单个基因富集不到有意义的通路或者功能；DAVID网站的gene list限制输入不超过3000个基因；输入格式是每行一个基因名或者基因名用逗号隔开。
Step2中选择"OFFICIAL_GENE_SYMBOL", Step3中选择"Gene list"。
点击提交列表，跳转界面。
点击“Gene_Ontology”进行GO分析(基因本体论)，也就是对基因进行功能注释，勾选GO分析的三个参数：BP（生物学过程），CC（细胞组分），MF（分子功能）。
点击BP后面的“Chart”。
然后点击“Download File”,下载GO分析BP的数据，跳转页面。
全选后粘贴，保存在一个txt文件里面，用EXCEL打开查看如下。
同样的方法下载GO分析的CC、MF数据，保存在TXT文档里面。
例如本帖选择基因功能富集数量最多五个(数量相等情况下根据P-Value值选择)做条形图，最简单的方法是使用EXCEL来做，准备一个EXCEL表格，将GO号和count数据放在表格里面。
选中新建的列表，点击插入-图表-条形图-堆积条形图。
点击确定，保存图片，即可得到在文献中很常见的条形图。
GO的分析已完成，接着找到“Pathways”,选择KEGG_PATHWAY。
同样点击 Chart。
点击其中一条通路的Term，查看通路图。
点击“Download File”，下载KEGG分析的数据，保存在TXT文档中，EXCEL打开如图。
根据富集基因数量制作一张堆积条形图。
下拉页面我们可以看到三个选项，点击中间的选项。
可以查看所有的GO和KEGG分析结果。
DAVID常用的第二个功能是基因ID转换，点击“Gene ID Conversion”。
例如本帖选择一列基因ID输入step1中。
其余步骤与前述相同。
在Option1中选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，点击提交。
跳转界面后，点击框内红色箭头。
最终，基因ID便转换为基因名称了，点击下载保存，基因转换率为100%，当然，当基因ID数量较多时候，可能转换率就达不到100%了。
宝贝评价
DAVID网站还是比较简单的，操作起来也不麻烦，但它的功能却是相当强大的，读过生信文献的小伙伴，应该不少看到DAVID的身影。但是这里吐槽一点~DAVID数据更新稍慢一点，其实也不影响我们的生信分析。
Metascape网站
今天为大家介绍的另一个强大的数据库是Metascape网站，它是如何强大的呢？第一，三步完成基因分析；第二，一次分析即可完成GO、KEGG和PPI；第三，数据更新快，覆盖广，整合了多个数据库的资源。
直奔官网去吧~(http://metascape.org/)。
界面介绍
界面介绍没有太多可说的，因为Metascape官网的界面十分简洁清晰，左侧的数据分析栏，右侧信息公告栏，右上角是网站提供的一些帮助文件和小工具(直接下拉查看吧)，页面下拉，有关于Metascape的视频介绍和Metascape引用的一些杂志的信息。
数据分析
傻瓜式的三步~
Step1:输入基因，有两种方式，本地文件导入或者粘贴gene list，右侧我们可以看到Metascape支持xls/xlsx，CSV，txt三种格式。
需要提醒一下，本地输入时候别忘记勾选“Multiple Gene List”选项了哦！
例如粘贴好100个差异基因，点击Submit。
Step2:选择物种，选择H.sapiens人类，可以看到Metascape数据库中还包含了其他物种的信息。
Step3:进行分析，选择“Express Analyze”或“Custom Analyze”都可以。
点击后跳转页面。
结果解读
首先看点击“Express Analyze”后的结果界面，对于分析结果，可以输出在EXCEL表格里面；图片可以显示在PPT模板中；也可以是一个压缩的文件夹。
Figure 1 : 功能富集分析的结果图
Table 1: TOP20的聚类分析表
Figure 2: 富集网络图，左侧是根据gene ID进行的聚类，右侧是根据P-Value进行的聚类，图片下方有保存的方式。
再看看点击“Custom Analyze”后的结果。
ID Conversion: 这是个gene ID的转换工具，哈哈，又学习了一种GENE ID转换的方法。Metascape支持gene ID、genesymbol的输入，在数据分析过程中，可以自动转换识别。
Annotation: 选择不同的功能注释条目后，点击Apply后进行查看。
Membership: 主要是针对用户自行搜索的一个栏目，比如输入pathway后，点击Search，再点击Apply。
Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置，然后点击“Enrichment Analyze”进行分析，结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。
宝贝评价
Metascape数据库用起来还是不错的，做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站，最主要的是网站更新较快，操作简单。想做功能注释的小伙伴，赶紧行动起来吧！
End
排版：小丸子
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