变量的设置和截取字符

因为并不常用到linux，所以确实不怎么会，只能现学了。我不明白，为什么这个脚本里面高亮的一行i=${i/_1.fq/}会报错呢，我只能用上面那一行i=${i%_1.fq}。

一、配置变量

原则：等号两边不能加空格；变量名称开头不能是数字；变量内容若有空格可使用双引号 " 或单引号 ' 将变量内容结合起来，但双引号内的特殊字符如$等可以保有原本的特性，单引号内的特殊字符则仅为纯文本；可用跳脱字符 \ 将特殊符号如$等变成一般字符，\后面不要加空格，只能跳脱\紧挨着的一个字符；在一串命令中，还需要藉由其他的命令提供的信息，可以使用反单引号`命令` 或 $(命令)，先执行这些命令；若该变量为扩增变量内容时，则可用 "$变量名称" 或 ${变量} 累加内容，如PATH="$PATH":/home/bin，PATH=${PATH}:/home/bin（也可以是PATH=$PATH:/home/bin，但其它变量不能这样）；通常大写字符为系统默认变量，自行配置变量可以使用小写字符。

$ echo $read  #未配置的变量为空

$ read=”sample_reads_1.fq.gz”  #配置变量
$ echo $read  #查看变量内容
sample_reads_1.fq.gz
$ echo ${read}  #查看变量内容
sample_reads_1.fq.gz
$ unset read  #取消变量
$ echo $read

$ read=sample_reads_1.fq.gz  #配置变量
$ echo ${#read}  #获取字符串变量的长度
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二、截取字符

$ echo ${read:7}  #截取第7个字符后面的所有字符，不包括第7个字符
reads_1.fq.gz
$ echo ${read:7:4}  #截取第7个字符后面的4个字符，不包括第7个字符
reads
$ echo ${read:0-5}  #截取倒数第5个字符后面的所有字符，包括倒数第5个字符
fq.gz
$ echo ${read: -5}  #把0换成空格也可
fq.gz

三、匹配字符的截取

• 一个#，若变量内容从头开始的数据符合关键词，则将符合的最短数据删除
• 两个##，若变量内容从头开始的数据符合关键词，则将符合的最长数据删除
• 一个%，若变量内容从尾向前的数据符合关键词，则将符合的最短数据删除
• 两个%%，若变量内容从尾向前的数据符合关键词，则将符合的最长数据删除
• ${变量/旧字符串/新字符串}，若变量内容符合旧字符串，则第一个旧字符串会被新字符串取代
• ${变量//旧字符串/新字符串}，若变量内容符合旧字符串，则全部的旧字符串会被新字符串取代
• ${变量/旧字符串/} 或 ${变量/旧字符串}，可删除匹配的第一个字符串
• ${变量//旧字符串/} 或 ${变量//旧字符串}，可删除匹配的所有字符串
• （以上这些操作并没有改变原变量）

$ echo ${read#*.}
fq.gz
$ echo ${read##*.}
gz
$ echo ${read%.*}
sample_reads_1.fq
$ echo ${read%%.*}
sample_reads_1
$ echo ${read/sample/test}
test_reads_1.fq.gz
$ echo ${read/sample/}
_reads_1.fq.gz
$ echo ${read/sample}
_reads_1.fq.gz
$ echo ${read//_//}
sample/reads/1.fq.gz