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NetPhos 3.1--蛋白磷酸化位点预测

2020-05-12  本文已影响0人  Han_zh

蛋白磷酸化修饰:
蛋白磷酸化是一种非常普遍存在的翻译后修饰(Protein post-translational modification,PTM)的一种类型。蛋白质的磷酸化是通过酶促反应将磷酸基团转移到蛋白组氨基酸残基上的过程,在生物体内普遍存在,蛋白质的磷酸化与去磷酸化这一可逆过程几乎参与了生命活动的所有过程,与信号传导、细胞周期、生长发育、癌症发生发展等密切相关。
ATP和ADP的相互转化应该是我们生物学习中最早接触的磷酸化和去磷酸化了,也是目前最主要的信号转导方式。基于磷酸化的重要性和普遍性,可以说是目前研究最广泛的修饰类型。指由蛋白质激酶催化的把ATP的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基(丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)上的过程,或者在信号作用下结合GTP,是生物体一种普遍的调节方式,在细胞信号转导的过程中起重要作用。它可以快速且可逆地调控信号传递功能,包括催化活性、蛋白质-蛋白质相互作用等。
磷酸化主要集中在丝氨酸苏氨酸酪氨酸 残基上,这些残基上具有游离的羟基,且本身不带电荷,当磷酸化后蛋白质便具有了电荷,从而使结构发生变化,进一步引起蛋白质活性的变化。

图片来自文献.png

磷酸化位点在线分析网址:NetPhos 3.1 Server


输入文件:FASTA格式的蛋白氨基酸序列
预测位点类型:Tyr、Ser、Thr
是否设置打分阈值:默认0
输出格式选择:classical/GFF
是否生成图片:Generate graphics
输出结果说明:Output format


NetPhos3.1 主界面 .png 输入界面.png 序列信息结果.png 总结果.png 每个位点显示最高打分结果

:分析的氨基酸位置(磷酸化位点)

x:氨基酸(磷酸化)简写
Context:包含分析位点的9个氨基酸序列
Score:结果打分(0-1),一般高于0.5则为阳性结果
Kinase:激酶信息,unsp表示没有特异性激酶预测结果
Answer:Yes表示阳性结果,即打分高于0.5


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