如何将柱状图y轴截断

Hello,大家好，最近碰到做图需要将y轴截断，当然很多工具都可以实现这个目的，比如excel, origin,在这我们聊聊如何使用R将y轴截断。
先看一下原图

image.png

现在我想将上图的y轴截

image.png

使用R画这个图很简单，只需三步，1）画上面半部分，2）画下面半部分，3）最后将上下两部分图拼接到一起。

1）先画下面半部分

​#加载画图所需要的R包，如果没安装ggplot2，请使用install.packages()自行安装
library(ggplot2)
library(ggpubr) #基于ggplot2的可视化包
​
#使用read.table读入数据
data <- read.table("sample.txt", header = T)
data #查看一下输入的数据格式

image.png

#去掉背景网格
theme <- theme(panel.background = element_blank(),panel.border=element_rect(fill=NA,linetype = 1, color="black",size=1))
fig1 <- ggplot(data,aes(x=treatment,y=content,fill =treatment )) + geom_bar(stat='identity',position=position_dodge()) +
  labs(x="treatment",y="FPKM")+    #使用labs自定义x轴和y轴标签名字
  coord_cartesian(ylim = c(0,9)) +  #使用ylim设置下面一半的范围
  geom_errorbar(aes(x=treatment, ymin=content-SE, ymax=content+SE), width=0.4, colour="black", alpha=0.9, size=1.3) + #添加误差棒
  theme
fig1 #下面半部分

image.png

2)画上面半部分

fig2 <- ggplot(data,aes(x=treatment,y=content,fill =treatment)) + geom_bar(stat='identity',position=position_dodge()) +
  labs(x=NULL,y=NULL) +   #上面半部分标签不需要添加
  theme(axis.text.x = element_blank(),axis.ticks.x = element_blank()) +     #去掉X轴和X轴的文字
  coord_cartesian(ylim = c(17,20)) +  #使用ylim设置上面一半的范围
  scale_y_continuous(breaks = c(17,20,1)) + 
  geom_errorbar(aes(x=treatment, ymin=content-SE, ymax=content+SE), width=0.4, colour="black", alpha=0.9, size=1.3) + #添加误差棒
  theme
​
fig2

image.png

3）利用ggrange将上下两部分拼接起来

#利用ggarrange（）可以组合不同的图，align为对齐参数， align = "v"为垂直对齐， align = "h"为水平对齐
ggarrange(fig2,fig1,heights=c(2/5, 3/5),ncol = 1, nrow = 2,common.legend = T,legend="right",align = "v")

image.png

perfect!如果对配色或者其它地方不满意，我们可以将该图保存为pdf格式，再使用AI进行精修。

参考：
https://ggplot2-book.org
R语言-ggplot2画图如何截断y 轴（https://www.jianshu.com/p/79331cb85a03?from=singlemessage）