Linux安装R包ggalt遇见的proj4报错

2020-12-03  本文已影响0人  xbinbzy

近来在利用R包ggalt以美化pca和pcoa图的展示,在linux环境下安装ggalt时,遇见proj4的报错信息如下:

configure: error: libproj and/or proj.h/proj_api.h not found in standard search locations.

*** Install PROJ library and if necessary set PKG_CPPFLAGS/PKG_LIBS accordingly.

ERROR: configuration failed for package ‘proj4’

* removing ‘~/Bin/miniconda3/lib/R/library/proj4’ 

google了下前人的经验:https://github.com/hrbrmstr/ggalt/issues/22、https://github.com/r-spatial/lwgeom/issues/28

根据前人经验,制定本人的解决方案如下:

第1步,locate proj.h确认proj.h的路径

locate proj.h  没有结果显示,提示没安装proj4

第2步,利用conda安装proj4(没有root权限,无法参考前人sudo yum  install proj-devel)

conda install -c conda-forge proj4

第3步,重新locate proj.h确认安装路径

第4步,在R中设定环境变量以指定proj.h的路径

Sys.setenv("PROJ_LIB"="~/Bin/miniconda3/include")

第5步,利用BiocManager安装proj4

BiocManager::install("proj4",force=TRUE)  成功安装

第6步,利用BiocManager安装ggalt

BiocManager::install("ggalt",force=TRUE)  成功安装

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