基因家族鉴定---BITACORA

2021-03-24 本文已影响0人 MLD_TRNA

bitacora下载链接https://github.com/molevol-ub/bitacora

至于它的原理，GitHub有说明书，不再赘述。保证看完以下都会操作！！！

第一：打开runBITACORA.sh，然后如下操作：

该脚本存在于软件安装文件夹

更新blast、hmmer、bitacora、Gemoma三个软件的对应文件夹的绝对路径 export PATH=$PATH:/home/zf/install/blast-2.7.1/bin export PATH=$PATH:/home/zf/install/hmmer-3.2.1/src SCRIPTDIR=/home/zf/install/bitacora-1.3/Scripts GEMOMAP=/home/zf/install/GeMoMa-1.7.1/GeMoMa-1.7.1.jar

更新基因组、结构注释、功能注释文件路径GENOME=/mnt/hgfs/SUXIN/ShuoShi/Anoplophora_glabripennis/shuju/Aglag.fasta GFFFILE=/mnt/hgfs/SUXIN/ShuoShi/Anoplophora_glabripennis/shuju/Agla.gff ROTFILE=/mnt/hgfs/SUXIN/ShuoShi/Anoplophora_glabripennis/shuju/Aglap.fasta

query文件夹里面是近源物质的蛋白序列（来自NCBI蛋白数据库，下载的蛋白需要具备目的基因家族的全部亚家族分支，所以要建树观察后再增减筛选）、下载自Pfam的基因家族的hmmr文件（如CYP：PF00067）.并以CYP_db.fasta和CYP_db.hmm命令。同时也要更新其路径QUERYDIR=/mnt/hgfs/SUXIN/ShuoShi/Anoplophora_glabripennis/P450/query

友情提示：

一般来说同一个电脑处理多个物种的基因家族时，复制移动runBITACORA.sh不用更改软件的路径，只需更改下面四个数据的路径即可。