手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第四期

本文首发于 ”百味科研芝士“ 微信公众号，转载请注明：百味科研芝士，Focus科研人的百味需求

点击蓝字关注我们

各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，今天我们的主题是利用cBioportal及UCSC-XENA数据库在线下载TCGA_SNP数据

第一部分

cBioportal数据库

这是一个专业分析TCGA数据的网站，相信很多肿瘤研究方向的老师同学都不陌生。网站在TCGA数据可视化中做的很不错，可以直观的看到数据以图和表的方式呈现，帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。下面我们就进入正题，网站主页是这样的：

01

cBioportal网址

http://www.cbioportal.org/index.do

最新的cBioportal进行了更新，增加了一个Quick Search按钮，可以快速的进行数据检索，那我们先看看该数据库的使用。

02

先点击Query，进入该界面，接着点击2处的数据来源

03

点击TCGA provisional，进入TCGA数据站，会出现下面的界面。

可以看到一共有32个TCGA数据集，我们点击第一个肾上腺皮质癌，点击进去， 点击view summary

便会出现下面的界面

可以看到主要是包括了CNV的信息和Matution信息，Mutation 按照突变频率进行了排序，可以看到在肾上腺皮质癌中ZFPM1突变频率最高，CNV主要涵盖了两类分别是del和amp。当然还有一些生存曲线的图形。

04

看到了Mutation，我们怎么可以轻易放过呢？

点击红色框框箭头所指的地方，我们便可以下载最显著突变的基因了，进入该疾病的临床数据存储站，出现下面的界面，点击下载按钮，便可以下载该数据。

同样，我们点击箭头所指的地方可以下载Mutation Count文件

05

当然我们也可以通过Data Sets下载，首先，进入Data Sets。

06

接着我们找到Adrenocortical Carcinoma (TCGA, Provisional)，进行数据下载

下载之后的数据如下，是一个压缩包，我们继续解压，发现包含的数据，很多，真的是一次下载多次使用。

我们发现我们需要下载的mutation数据就在里面，几乎就是把一种疾病的所有类型数据全部给下载了。

第二部分

UCSC-XENA工具

趁热打铁！还记得我们在RNAseq数据下载时，提到的主角UCSC-XENA工具吗？一个无编程的网页版工具，帮助我们轻松下载TCGA数据。我们继续点击鼠标，实现我们的TCGA_SNP数据下载梦。往期推送：

手把手教你用R语言下载TCGA数据：UCSCXenaTools

UCSC-XENA网址：

https://xena.ucsc.edu/

人家的界面长这样：

黄色框框是官网给的如何使用该网址的教程。

红色框框是我们需要点击进入的界面。

07

点击launch Xena，出现下面的界面，那数据藏在哪里了呢？

08

点击DATA Sets 进入数据存储站，出现下面的界面

可以看到在右侧的Active Data Hubs 包括了很多，不仅涵盖了TCGA还包括ICGA，Pan-Cancer Atlas Hub等数据节点。因为我们是研究TCGA，我们只需要选中TCGA就可以了。

09

选中TCGA，进入TCGA数据站，其包含的数据主要是下面38个

10

随便选择一个癌症，比如选择第一个AML，点击进去，出现下面的界面

我们发现该网站已经整理好了各类数据，包括CNV，DNA甲基化等，方便用户下载，大大方便了我们使用。接着我们找到SNV数据，如下，注意有两个点，一个是somatic mutation，一个是somatic non-silent mutation，我们选择somatic non-silent mutation，点击带有*号的数据，进入。

11

 点击之后，进入下面的界面：

点击红色框内的链接便可以进行数据下载了，下载之后的数据是一个压缩包，解压之后便可以使用了。

12

数据说明：

如上表格中，0代表未发生突变，1代表发生了突变，行名代表基因名。

Ok，今天的教程主要是带大家利用cBioportal/UCSC-XENA 进行无代码的 SNP数据下载，下期我们继续推出SNP数据下载的其他方式。