【软件安装】---Nanopore官方开源软件Centrifug

前言：Nanopore的超读长测序能在短时间内产生海量数据，借助官方分析软件Epi2Me，可以直接进行数据分析。但是Epi2Me是云端计算的，所以运行对网速的依赖比较大。为了解决这些问题，我们翻找了很多最新的文献，发现Epi2Me中的各项功能，都是由对应的本地化开源软件的，今天就先给大家介绍一下Centrifuge的安装和使用。

Centrifuge实现的是将Nanopore测序reads进行微生物鉴定的功能，官网有详细的介绍。

软件安装：
安装步骤比较简单，准备好一个打算安装的路径/path/to/install，然后通过Github下载：

git clone https://github.com/infphilo/centrifuge
cd centrifuge
make
make install prefix=/path/to/install

数据库下载：
这一步是本地化的关键，你可以在Centrifuge的官网选择两个不同size的物种数据库：

数据库下载链接
第一个只有1个G，第二个有19.8个G，如果你是做宏基因组的，那么恭喜你，你需要下载第二个。。。
建议使用axel下载，

axel https://zenodo.org/record/3732127/files/h+p+v+c.tar.gz?download=1

这一步就取决于网络的稳定性了，反正我是断断续续下了三天左右，

软件使用：
数据库下载完成后，使用tar -xf解压，解压后大概30个G，加密的参考基因组

解压后的数据库
这样就可以直接使用Centrifuge了
使用示例：

centrifuge -p 8 --met 5 --time --ignore-quals -S 20200630_result.tsv --report-file 20200630_report.tsv -x /epi2melabs/hpv/hpv -U /My/data/barcode20.fastq

测试大概花了7min的时间

运行日志

结果会记录在20200630_report.tsv这个文件中。

运行结果示例