R语言超详细绘制生存曲线并说明各参数选择

#生存曲线绘制

library(survminer) # 加载包
library(survival) # 加载包

data(lung) # 加载lung(lung) # 查看数据集
str(lung)

#'data.frame':  228 obs. of  10 variables:
#$ inst     : num  3 3 3 5 1 12 7 11 1 7 ...
#$ time     : num  306 455 1010 210 883 ...生存时间
#$ status   : num  2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 ...生存状态，2为死亡，1位生存
#$ age      : num  74 68 56 57 60 74 68 71 53 61 ...
#$ sex      : num  1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 ...
#$ ph.ecog  : num  1 0 0 1 0 1 2 2 1 2 ...
#$ ph.karno : num  90 90 90 90 100 50 70 60 70 70 ...
#$ pat.karno: num  100 90 90 60 90 80 60 80 80 70 ...
#$ meal.cal : num  1175 1225 NA 1150 NA ...进食时消耗的卡路里
#$ wt.loss  : num  NA 15 15 11 0 0 10 1 16 34 ...最近6个月内的体重下降

attach(lung)
Surv(time,status) # 创建生存对象

fit <- survfit(Surv(time,status) ~ sex,  # 创建生存对象 
               data = lung) # 数据集来源
fit # 查看拟合曲线信息

summary(fit)

ggsurvplot(fit, data = lung)

ggsurvplot(fit, # 创建的拟合对象
           data = lung,  # 指定变量数据来源
           conf.int = TRUE, # 显示置信区间
           pval = TRUE, # 添加P值
           surv.median.line = "hv",  # 添加中位生存时间线
           risk.table = TRUE, # 添加风险表
           xlab = "Follow up time(d)", # 指定x轴标签
           legend = c(0.8,0.75), # 指定图例位置
           legend.title = "", # 设置图例标题
           legend.labs = c("Male", "Female"), # 指定图例分组标签
           break.x.by = 100)  # 设置x轴刻度间距