R语言超详细绘制生存曲线并说明各参数选择
2020-10-11 本文已影响0人
灵活胖子的进步之路
#生存曲线绘制
library(survminer) # 加载包
library(survival) # 加载包
data(lung) # 加载lung(lung) # 查看数据集
str(lung)
#'data.frame': 228 obs. of 10 variables:
#$ inst : num 3 3 3 5 1 12 7 11 1 7 ...
#$ time : num 306 455 1010 210 883 ...生存时间
#$ status : num 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 ...生存状态,2为死亡,1位生存
#$ age : num 74 68 56 57 60 74 68 71 53 61 ...
#$ sex : num 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 ...
#$ ph.ecog : num 1 0 0 1 0 1 2 2 1 2 ...
#$ ph.karno : num 90 90 90 90 100 50 70 60 70 70 ...
#$ pat.karno: num 100 90 90 60 90 80 60 80 80 70 ...
#$ meal.cal : num 1175 1225 NA 1150 NA ...进食时消耗的卡路里
#$ wt.loss : num NA 15 15 11 0 0 10 1 16 34 ...最近6个月内的体重下降
attach(lung)
Surv(time,status) # 创建生存对象
fit <- survfit(Surv(time,status) ~ sex, # 创建生存对象
data = lung) # 数据集来源
fit # 查看拟合曲线信息
summary(fit)
ggsurvplot(fit, data = lung)
ggsurvplot(fit, # 创建的拟合对象
data = lung, # 指定变量数据来源
conf.int = TRUE, # 显示置信区间
pval = TRUE, # 添加P值
surv.median.line = "hv", # 添加中位生存时间线
risk.table = TRUE, # 添加风险表
xlab = "Follow up time(d)", # 指定x轴标签
legend = c(0.8,0.75), # 指定图例位置
legend.title = "", # 设置图例标题
legend.labs = c("Male", "Female"), # 指定图例分组标签
break.x.by = 100) # 设置x轴刻度间距
最终图示