circos画图，染色体band参数、着丝粒及间距
2023-11-18 本文已影响0人
花生学生信
circos一般需要准备circos.conf、ideogram.conf。这里我们添加对染色体bands.conf的配置信息。
细胞遗传学带（cytogenetic band）是染色体上区分的特定区域，用于描述染色体的结构和位置。这些带状区域可以通过染色体显带技术（例如吉姆萨染色法）在显微镜下可见。细胞遗传学带状图显示了染色体上的带，通常按照从近心端（centromere）到远端的顺序编号，每个带状区域都有一个特定的编号。这些编号通常包括一个数字和一个字母，例如1q32，其中“1”表示染色体号码，而“q32”表示带状区域在长臂（q臂）上的位置。细胞遗传学带是研究染色体结构和遗传变异的重要工具。
image.png
测试
染色体间距
###ideogram.conf
<spacing>
default = 0.001r
<pairwise chr01;chr12>
# 以下设置两条染色体之间的间隙
spacing = 50r
</pairwise>
</spacing>
1号染色体和12号染色体间隙
日本晴着丝粒位置信息
添加着丝粒的位置
###ideogram.conf 添加
<<include bands.conf>>
###添加bands.conf
show_bands = yes
fill_bands = yes
band_stroke_thickness = 0
band_stroke_color = white
band_transparency = 0
###
1号染色体上的着丝粒位置，可以看出附近基因的密度较低
##NIP
#第一列:染色体,表明这是一条染色体
#第二列:占位符,定义所属关系
#第三列:ID,跟身份证号码一样,唯一不能重复的标识（这一列很重要，后面其他作图数据都是要和ID对应）
#第四列: 图中显示的文本
#第五列:起始。以0开始
#第六列:终止。第五列和第六列定义了染色体的实际大小
#第七列:颜色 （这一列我写的是chr1 其实在这里他们代表的是颜色，因为在配置文件colors.ucsc.conf
# 中将不同的色号赋值给了chr01，chr02,chr03... 所以就可用chr01，chr02,chr03... 来代替颜色，当然你可以直接
# 写色号，或是颜色，都可以）
chr - chr01 chr1 0 43270923 chr1
chr - chr02 chr2 0 35937250 chr1
chr - chr03 chr3 0 36413819 chr1
chr - chr04 chr4 0 35502694 chr1
chr - chr05 chr5 0 29958434 chr1
chr - chr06 chr6 0 31248787 chr1
chr - chr07 chr7 0 29697621 chr1
chr - chr08 chr8 0 28443022 chr1
chr - chr09 chr9 0 23012720 chr1
chr - chr10 chr10 0 23207287 chr1
chr - chr11 chr11 0 29021106 chr1
chr - chr12 chr12 0 27531856 chr1
band chr01 bin1 bin1 0 16550000 white
band chr01 bin2 bin2 16550001 16850000 red
band chr01 bin3 bin3 16850001 43270923 white
band chr02 bin4 bin4 0 13450000 white
band chr02 bin5 bin5 13450001 13750000 red
band chr02 bin6 bin6 13750001 35937250 white
band chr03 bin7 bin7 0 19250000 white
band chr03 bin8 bin8 19250001 19550000 red
band chr03 bin9 bin9 19550001 36413819 white
band chr04 bin10 bin10 0 9550000 white
band chr04 bin11 bin11 9550001 9850000 red
band chr04 bin12 bin12 9850001 35502694 white
band chr05 bin13 bin13 0 12250000 white
band chr05 bin14 bin14 12250001 12550000 red
band chr05 bin15 bin15 12550001 29958434 white
band chr06 bin16 bin16 0 15150000 white
band chr06 bin17 bin17 15150001 15450000 red
band chr06 bin18 bin18 15450001 31248787 white
band chr07 bin19 bin19 0 11950000 white
band chr07 bin20 bin20 11950001 12250000 red
band chr07 bin21 bin21 12250001 29697621 white
band chr08 bin22 bin22 0 12750000 white
band chr08 bin23 bin23 12750001 13050000 red
band chr08 bin24 bin24 13050001 28443022 white
band chr09 bin25 bin25 0 2650000 white
band chr09 bin26 bin26 2650001 2950000 red
band chr09 bin27 bin27 2950001 23012720 white
band chr10 bin28 bin28 0 8050000 white
band chr10 bin29 bin29 8050001 8350000 red
band chr10 bin30 bin30 8350001 23207287 white
band chr11 bin31 bin31 0 11850000 white
band chr11 bin32 bin32 11850001 12150000 red
band chr11 bin33 bin33 12150001 29021106 white
band chr12 bin34 bin34 0 11750000 white
band chr12 bin35 bin35 11750001 12050000 red
band chr12 bin36 bin36 12050001 27531856 white
