生物信息学:研一

整体网分析--UCINET笔记

2017-04-25  本文已影响11611人  leonaxiong

整体网研究基础概念

  1. 个体网络密度计算
    Network->Ego->networks->Egonet basic measures
  2. 整体网络密度计算
    Network->Cohesion->Density
  1. 费用最小路径(默认)
    costs
  2. 强度最大路径
    strength
  3. 最可能出现的路径
    probability
    根据距离矩阵,计算各点之间的邻接距离Network->Cohesion->Distance
整体网的结构研究

属性变量与网络变量

一、中心性研究

中心度-> 个体,中心势->群体

  1. 度数中心性
    • 点的度数中心度
      • 绝对度数中心度
        忽略间接相连的点,是局部中心度
    • 相对度数中心度
      点的绝对中心度/图中最大可能绝对中心度
      不同规模的图,点的局部中心度无法比较。
    • 图的度数中心势
      网络中点的度数中心度差异越大,图的度数中心势越大。


      中心势计算.png
  2. 中间中心性
  1. 接近中心性
    一个点与其他点越接近,传递信息就越容易
  1. 多种中心度的比较与计算
    Network->Centrality->Multiple Measures
    三种中心度的关系.png
    度数中心度测量与其他点交往的能力,中间中心度与接近中心度刻画该点控制网络中其他点交往的能力

二、凝聚子群研究

对凝聚子群形式化处理的四个角度:

  1. 建立在互惠基础上的凝聚子群
    派系,内部成员之间互惠,且不能再加入其他点
  1. 建立在可达性和直径基础上的凝聚子群
    • n-派系
    • 无向网络中
      子图中,任意两点的捷径距离不超过n
    • 有向网络中
      半途径:从i指向j,由各不相同的点和线构成的系列,途径考虑线的方向,半途径不考虑
      四类n-派系的关联性.png
    • 多值关系网络中
  1. 建立在点度数基础上的凝聚子群
  1. 建立在“子群内外关系”基础上的凝聚子群
  1. 凝聚子群中的分派指数
  1. 凝聚子群分析的步骤示例
  2. 如果数据是二值的,直接进行第二步,如果是多值的:
    一是利用多维量表Tools->Scaling/Decomposition->Metric或层次聚类Tools->Cluster Analyze进行分析;
    二是二值化处理Transform->Dichotomize要注意是相似性还是相异性数据
  3. 分析成分
    成分分析.png Transform->Symmetrizing
  4. 派系分析
  5. 分析派系重叠的模式


    派系重叠.png
  6. 找出所有的k-丛


    k-丛分析.png
  7. 分派分析
  8. 示例


    示例.png

三、社会网络的关联性

  1. 关联性的含义
    如果一个集体的成员之间的社会关系把该集体团结在一起,我们就说该集体就有关联性。
    行动者之间必须是关联的,即任何两点之间都至少存在一条途径。两个点之间的途径越多,关联度越大。

    但关系的密度往往不是决定性因素,如果密度只是通过一个核心点的努力而增加的,那么密度大的网络将对核心点产生很大的依赖,因而是不“稳健”(robust)的。另外关联度也随着网络中独立途径数目的增加而增加,所谓独立途径,指的是除了起点和终点一样外,其他点都不同的途径。 关联度.png
  2. 关联性的测量
如何计算其关联度
Transform->Dichotomize对称化处理
Network->Cohesion->Distance根据无向矩阵得到可达距离矩阵V=可达矩阵对角线上方0的总数
Network->Cohesion->Reachability得到可达矩阵(只表明两点间是否可达)
- 网络中某点的关联度

对于一个网络中的某个点来说,如果去掉与之相连的一些点,那么该点可能达不到其他点,也就没有关联度。
Network->Cohesion->Point Connectivity计算出去掉多少点能使该点不可达到其他点
如果只去掉一个关系,某组织就失去了与其他成员之间的联系,信息将不能传递,那么该组织既是信息的发出者,又是信息的接受者。可以用来研究行动者之间的独立性或者脆弱性。

Network->Regions->Components区分出图中的全部成分
Tools->Univariate Stats,选择需要分析的数据,计算出该矩阵的一些统计指标,包括包含的线数,计算多余线的条数V=SUM(G)-(N-1),计算最大可能的多余线的条数Max(V)=N(N-1)/2-(N-1)
把每个成分的V和Max(V)分别汇总
根据公式计算图的效率

实际上该值必然等于图中各个成分密度的平均值

  1. 关联性与小世界
Transform->Symmetrize->Maximum对称化处理
Network->Cohesion->Clustering Coefficient
该程序会给出根据局部密度计算出来的聚类系数overall graph clustering coefficient
根据传递性计算出来的聚类系数weighted all graph clustering coefficient
- 途径长度均值的计算
Transform->Symmetrize->Maximum对称化处理
Network->Cohesion->Distance计算距离,得到距离矩阵
Tools->Statistics->Univariate->Matrix,对得到的距离矩阵进行计算,即可算出C值

四、块模型:构建与解释

  1. 块模型
  1. CONCOR方法


    CONCOR.png
  2. 块模型的应用举例
    如果用一个整体网来表征村民之间的相互支持行为,如“帮工关系”。首先,我们可以计算该整体网络在“帮工”上存在多少个子群(位置)Network->Roles & Positions->Structural->Concor,然后给出各位置之间的密度表和像矩阵。
    image.png
    image.png
    image.png

五、结构洞与中间人

  1. 局部桥的含义与测量
    桥:如果去掉两点之间的该关系,整个网络将分为两个独立的子网络。
    局部桥:如果n大于2并且是连接两点的最短途径的长度(除了已存的关系之外),该现存关系就是度数为n的局部桥
  2. 结构洞
    结构洞是两个行动者之间的非冗余的联系
    结构洞.png
    Network->Ego Network->Structural Holes
    主要看结果中的限制度Constraint,越小表示在图中越重要
  3. 中间人
    中间人
    Network->Ego Network->Brokerage roles
  4. 其他个体网指标的计算
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