TRF鉴定 tamdem

TRF (tandem repeats finder)可用于鉴定基因组中的tamdem，及串联重复

1、下载

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2、参数说明

• file: 输入fasta序列；
• Match: 匹配上的权重
• Mismatch： 没有匹配上的权重
• Delta：插入缺失罚分
  匹配权重值为2时，对未匹配上和插入罚分在3-7范围内时有效的，当mismatch和indel权重为负数时，程序中断。3者推介值依次为2,7,7
• PM: 匹配概率，整数（最佳80）
• PI: 插入缺失概率 整数 （最佳 10）
• Minscore：匹配上的串联重复序列最小分值，如果设定匹配权重为2，最小分值为50，最佳匹配需要匹配至少25bp
• MaxPeriod：最大的重复单元bp数，程序将会找到重复单元在1-2000的所有重复，但是可以限制更小的范围
  可选参数：
• m: 屏蔽序列文件，在每一个串联重复序列出现的地方（每一个核苷酸）都替换成N显示
• f: 标记串联重复序列两侧的侧翼序列，包含500个核苷酸。输出文件扩展名为txt
  -d: 输出文件
  -h: 禁止输出html

3、小试牛刀

选用一测试序列 test.fa

trf409.linux64  test.fa  2 7 7 80 10 50 2000 -d -h

得到结尾为.dat 的文件，其中每一列对应如下: