在开始前定一个主基调

    对于测序大家应该都不陌生，我所研究的课题主要是通过二代测序获得基因组数据进而进行分析。

概述一下

    二代测序技术（next generation sequencing，NGS），又称为高通量测序技术（high-throughput sequencing，HTS）或深度测序（deep sequencing），通过一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定，进而对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析。

    一般我们对人类基因组的研究策略主要是三个：

        全基因组重测序（whole genome re-sequencing，WGS）

        全外显子组重测序（whole exome re-sequencing，WES）

        目标区域测序（target region re-sequencing，TR）

    对于这三个策略如何应用，这完全看课题需要，没有人说过这三个策略必须分开进行，实际上目前很多课题组在进行研究的时候，都会先分析WES和panel的数据，再考虑进行WGS的测序分析，也有些课题组通过panel筛选病例，再进行WES或WGS的分析。以上只是两个简单的思路，适用于不同的课题需求。那到底怎么去选取研究策略，还是根据课题的需求，这充分说明了，课题设计的重要性，从我踩过的坑来看，一个好的课题设计，能让你后续的分析少碰很多壁，而且我觉得课题是循序渐进的，具体怎么去做要根据预实验好好的验证。

    而我的课题就是属于没有被好好设计的那种，那么我的研究对象主要是（全是）WGS的数据了，既然这已经改变不了了，那就好好分析，以找出差异基因，争取早日脱离苦海。

    那么之后我要分析的内容其实是以WGS的数据为对象，当然，这并没有太大影响，因为很多分析是大同小异的。

WGS分析流程

    这里贴一张某测序公司培训时给的WGS数据分析流程，我的样本测序就是交给这家公司来完成的，这张照片比较早，大概是2018年四月时候的培训，不知道这家公司现在还是不是这么分析的，但这并不重要，目前大体的分析流程大同小异，一般发表的文章也会提供分析方法，也是值得大家借鉴的。

    而我后面的分析方法和流程与这里也是有差别的，但我为什么没有贴我自己的流程图呢，主要是因为我的流程细节部分还在不断的修改过程中，我后面的文章会按照我的流程进行一步步的介绍，也会抛出我遇到的问题，希望能得到大家的指点，大家共同交流，批评指正！！！