一分钟帮你搞定数据预处理

2021-07-19  本文已影响0人  概普生信

如果说GEPIA搞定了TCGA,那么easyGEO的目标要搞定GEO。

依稀记得刚转到医学做分析的时候,单个基因的生存分析,淘宝报价200一个。

那时候GEPIA横空出世,截止目前应该每个研究肿瘤的,研究TCGA的科研人都用过这个工具。

但是TCGA的数据都是肿瘤,对于非肿瘤的其他疾病或者更多的其他肿瘤数据,这个工具能起到的作用就没那么大了。

更大的痛点在于拥有数据最多的GEO数据库的处理。

GEO数据库其实提供了GEO2R用来做一些简单的分析,帮助客户进行课题设计和基金申请的前期准备工作。

但是这个体验感超级差,还是要借助一点点的基础,而且只是差异分析。

这个点很痛,但是其实并不难。

生信人之前推广过核心基因分析的课程和流程,都是免费给大家的,但是大家利用度还不是很高,原因就是在于编程基础。所以本着轻松生信,快乐科研的基调,我们一步到位直接把核心基因流程内嵌进easyGEO中。

也就是说通过easyGEO,分分钟出来一个课题。

再重复下核心基因流程的整体思路,包括差异分析,网络构建,模块挖掘,预后分析。然后你拿到这些结果基本就可以判断你关注的基因,关注的方向跟你的预期符不符合,感兴趣的基因趋势是否一致等。整个分析过程不超过5分钟。

出来的结果也很人性化,直接就是一个包含矢量图的pdf报告。

最最最重要的,这个工具坚持免费注册,免费让大家使用。所以感兴趣的小伙伴,抓紧注册吧。

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