预印 | R NetCoMi：利用微生物组数据构建网络和比较网络

2021-02-26 本文已影响0人胡童远

文献信息：
标题：NetCoMi: Network Construction and Comparison for Microbiome Data in R
中文：R NetCoMi利用微生物组数据构建网络和比较
时间：2020.7

摘要：
从高通量测序数据中估算微生物关联网络是一种常见的探索性数据分析方法，旨在了解微生物群落在其自然栖息地的复杂相互作用。统计网络估计工作流程包括几个分析步骤，包括零处理、数据规范化和计算微生物关联的方法。由于微生物的相互作用可能会在不同的条件下发生变化，例如在健康个体和患者之间，识别组之间的网络差异通常是一个完整的二次分析步骤。然而，到目前为止，还没有一种统一的计算工具可以促进从高通量测序数据构建、分析和比较微生物关联网络的整个分析工作流程。

在这里，我们介绍了NetCoMi(微生物组数据的网络构建和比较)，这是一个R包，在一个单一的可重复计算工作流中集成了每个分析步骤的现有方法。该软件包提供了构建和分析单一微生物关联网络以及量化网络差异的功能。这使我们能够洞见单个类群、类群群或群之间的整体网络结构是否发生变化。NetCoMi还包含了构建差异网络的功能，从而可以评估单个对类群在两个类群之间是否存在差异关联。此外，NetCoMi促进了微生物组样本的不同网络的构建和分析，使整个微生物组样本收集的异质性的高水平图形总结成为可能。我们使用加布里埃拉研究的数据集来比较来自两个研究中心(乌尔姆和慕尼黑)儿童房间尘埃沉降中的微生物联系，说明NetCoMi的广泛适用性。

Github：https://github.com/stefpeschel/NetCoMi

1 构建、分析和比较微生物相关性网络的工作流程