生信基础知识单细胞WES与WGS分析

Bioinformatics Workbook:一个生信学习网站

2021-09-30  本文已影响0人  学生信的大叔

>  推荐一个生信学习网站:`Bioinformatics Workbook`

> 网站地址:https://bioinformaticsworkbook.org/

> Github:https://github.com/isugenomics

> RSS地址:https://bioinformaticsworkbook.org/feed


网站界面未直接找到RSS地址,建议自己收藏留一下。

该网站介绍的内容比较广泛。我觉得这个网站比较特色的地方就是给你准备了示例数据+流程,而不是只罗列代码。

- linux 基础部分:介绍sed和grep时是以常见生物格式文件为例进行介绍得。有bioawk 基础、正则、Singularity 容器创建

- 序列获取与整理

- 测序实验设计。

- 基因组组装与注释、重复序列鉴定和比较基因组

- 变异位点分析:包含Stacks、GATK、Tassel、FreeBayes流程,示例数据介绍和流程脚本。

- RNA-seq:包含有参、无参、10X和DESeq2。smallRNA部分目前只介绍了Miranda

- ATAC-seq

- Workflows:nextflow

- 数据可视化

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读