R语言入门--第十七节（R markdown）
在数据分析最后分享时，可将流程的代码、产生结果、图形等完整的、友好的展示成目标格式时（html、pdf、word），R markdown(.Rmd类文件) 是一种很棒的格式。实际上，目前简书也是在用markdown，看来是一种非常流行的笔记语言，目前语法也是最基础的了解，之后有必要深入的了解。
一、基础语法
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在R中新建一份Rmd格式文件时，会给一份初始化的简单模板，提示一些常用语法以及框架；
Rstudio截图
样例模板
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此外点击Rstudio上方的Help，选择Markdown Quick Reference，会系统得给出常见的语法提示。
Markdown Quick Reference
二、Rmd结构框架
Rmd文件中主要包括两种重要的结构类型，参考上图Rmd提供的模板
1、YAML文件头
即两个---之间的内容，交代了一些基本信息。此外在复杂的Rmd文件中也可设置提供参数，以及插入参考文献的高级用法，这里就不介绍了（实际上没怎么看明白...）
可以在开头处依据标题建立一个链接目录。具体设置参考下图
设置目录
2、R代码块
空白R代码块
（1）插入方式：
- 使用组合键 Ctrl+Alt+I。
- 使用编辑器工具栏上的 Insert 按钮。
- 手工输入代码段标记符 ```{r} 和```
（2）代码段名字
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通过给代码块命名，使用脚本编辑器左下角的弹出式代码浏览菜单，更方便浏览特定的代码段。
setup代码块
快速查看代码块
值得注意的是：setup 这个代码段名称具有特殊意义。当处于笔记本模式时，名称为 setup 的代码段会在任何其他代码运行前自动运行一次。所以我觉得一般放置加载包，全局设置等代码
（2）代码段选项
- 代码块选项在控制代码运行与否，结果输出与否，怎么输出都可以进行控制；
- 选项类型有很多，这里列举最常用的几个
eval = FALSE：不运行代码，仅展示用；
include = FALSE：运行代码，但不会在最终文档中显示代码和结果。可以用于加载包等初始化的setup代码块里；
echo = FALSE：运行但不显示代码，比如就单纯想看一张图，不想知道怎么绘制的；
message = FALSE或warning = FALSE可以防止消息或警告出现在最终报告中。
results = 'hide'可以隐藏文本输出；fig.show = 'hide'可以隐藏图形输出。
error = FALSE为默认设置，只要代码里有错误，文档生成就会失败；而error = TRUE在代码出现错误时仍然可以生成最终报告，即返回报错信息。
补充：代码除了输出一般文本与表格，也可输出、展示表格类数据框。
可以使用knitr::kable()函数，此外也有 xtable、stargazer、pander、tables 和 ascii 包均提供成套的输出工具（在本文最后一个示例中，即使用xtable包展示表格）
knitr::kable()
（3）内联代码
- 在文本中引用短小的R代码生成的数据是一种准确、方便的方法。
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格式为 `r `
内联代码
三、Rmd结构框架示例
- 利用women基础数据集，进行建模、绘图操作。
（1）新建Rmd文件；
（2）删除除标题的模板，复制、粘贴下列代码；
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title: "TEST"
author: "li"
date: "2020/6/1"
output:
html_document: default
pdf_document: default
word_document: default
---
# Regression Report
```{r echo=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
n <- nrow(women)
fit <- lm(weight ~ height, data=women)
sfit <- summary(fit)
b <- coefficients(fit)
```
Linear regression was used to model the relationship between weights and height in a sample of `r n` women. The equation **weight = `r round(b[[1]], 2)` + `r b[[2]]` * height** accounted for `r round(sfit$r.squared, 2)`% of the variance in weights. The ANOVA table is given below.
```{r echo=FALSE, warning=FALSE, results='asis'}
library(xtable)
options(xtable.comment=FALSE) #省略多余的信息
print(xtable(sfit), type='html', html.table.attributes="border=0")
#html.table.attributes="border=0"将1像素边界删去
```
The regression is plotted in the following figure.
```{r echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.width=5, fig.height=4}
library(ggplot2)
ggplot(data=women, aes(x=height, y=weight)) +
geom_point() +
geom_smooth(method="lm")
```
（3）点击右上角保存按钮，文件取名test.Rmd（第一步的命名是给文档的大标题）
（4）转换为html（默认）、pdf或者word格式，依自己需求而定。
test.html
如上图，的确很简洁明了。注意下就是pdf转换需要下载MiKTex外部软件，刚才试了下都失败了。过几天再试试看。
综上，结合教材，简单学习了下R markdown的相关知识，markdown还有很多知识点值得深入的学习。
