嫁接移动mRNA鉴定策略

1.材料：黄瓜砧木（南瓜砧木），西瓜接穗（黄瓜接穗），自根西瓜（自根黄瓜）

2.鉴定策略：

• 1.西瓜接穗比对到西瓜基因组，Tohat2 （猜测当时hisat2还没在线）允许两个编辑距离，即使是一端比对上也认为这对reads比对上

• 2.剩下没比对上的reads与自根西瓜的RNA-seq reads比较，完美符合的舍去（ps：无自根材料，有人用的cDNA）。

• 3.进一步剩下的reads比对到黄瓜基因组上，允许一个编辑距离。只有双端比对上才被认为是比对上。

• 4.鉴定移动的mRNA：至少两个生物学重复中reads>=2或5

• 5.西瓜和黄瓜序列一致性>98%，并且长度大于>=100bp。（覆盖）

• 排除：
  黄瓜和西瓜的CDS进行blast，鉴定到150个黄瓜基因含有这样的区域。除去这些gene也不影响分析。

3.编辑距离：

https://www.cnblogs.com/leezx/p/5978014.html

4.难点及思考（可能有错误，待实践）：

1.编辑距离的控制：

• 根据sam文件第六列CIGAR：简要比对信息表达式（Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report）筛选结果。

2.一个reads匹配和两个reads匹配怎么区分？

• hisat2比对上指的两端和一端比对上的总和，那么只需要双端比对上的怎么做？

3.与自根材料的比较，什么叫完美符合？

• 将RNAseq变成fasta，再来比对。完美？？？有点不明白为什么要跟自根的比。。。

5.文献出处：

Zhang Z , Zheng Y , Ham B K , et al. Vascular-mediated signalling involved in early phosphate stress response in plants[J]. Nature Plants, 2016, 2(4):16033.