structure图绘制(三)----structure图的绘制

如何用经过格式转换形成的bed,bim,fam格式的文件绘制简单的structure图呢？下面将开始介绍admixtrue软件的使用以及如何用输出的结果在R中绘图。

1.admixture中进行数据处理

(1)登录服务器，传文件

首先，你可以通过FileZilla把bed,bim,fam格式的文件传到服务器上(也可用代码传)。然后打开终端登录服务器，代码如下：

ssh root(用户名)@服务器地址      
password(密码)
cd /usr/hx/test/               //地址为你把文件传到服务器上放的地方。

file

(2) 选择合适的k值

比如, 想要k值选择1,2,3,4,5, 6,7,8可以写为:

cd  /usr/hx/admixture_linux-1.3.0/   //cd到你所存放admixture_linux-1.3.0的位置。
for K in 1 2 3 4 5 6 7 8 ; do /usr/hx/admixture_linux-1.3.0/admixture --cv /usr/hx/admixture_linux-1.3.0/merge/merge.bed $K | tee log${K}.out; done    //注：do后面的路径为你安装admixture的路径，merge.bed为你要跑到文件，K值可以根据你的要求做调整，其他的参数不需要改。

跑完之后生成out、Q、P格式文件。

然后用grep查看*out文件中的CV error(交叉验证的误差值)。最小的那个即为最合适的K值(注：由于测试用SNP文件少，所以导致k一直都在减少，下面以K=4为例绘图)。

grep -h CV *out

2.R studio中绘制图形

将服务器上的merge(即跑的文件).4(即最佳k值).Q下载到电脑上(FileZilla)即可。
打开R studio 输入以下代码即可完成绘图。注：rainbow(?)括号内的值与k同。

ta1 = read.table("/Users/bcl/Desktop/structure/merge.4.Q")   //路径为你所下载的文件所在的。
head(ta1)
barplot(t(as.matrix(ta1)),col = rainbow(4),
                 xlab = "Individual",
                 ylab = "Ancestry",
                 border = NA)