生信分析32：deeptools软件介绍

Fig 1

对于各种表观组学，如ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG、MNase-seq，deeptools是下游分析中非常常用的软件之一。该软件发表于2014年（Fig 1），目前已经引用超1000次。

Fig 2

Fig 3

今天的推送主要介绍deeptools软件的两个主要使用场景，数据质控-相关性分析（Fig 2）和聚类分析（Fig 3）。

01 输入文件的准备

Fig 4

对于比对的sam文件，我们转为bam文件并完成基本过滤和排序，然后转成bw文件。

Deeptools内置了bamCoverage功能，可以完成bam2bw的操作（Fig 4）。

--binSize Size of the bins, in bases, for the output of the bigwig/bedgraph file. (Default: 50)

--normalizeUsing {RPKM,CPM,BPM,RPGC,None}

02  样本相关性分析

Fig 5

Fig 6

multiBigwigSummary选项可以对多个bw文件进行整合（Fig 5），然后结合plotCorrelation和plotPCA可以实现样本相关性分析（Fig 6-10）。

Fig 7

Fig 8

Fig 9

03 聚类分析

Fig 10

Fig 11

computeMatrix可以展示指定位置附近的seq信号强度，它有“scale-regions”和“reference-point”两种模式，前者将指定的区间缩放到指定大小，后者将指定的区间缩放成一个点，实例中使用scale-regions模式，输入了所有基因的位置信息，将每个基因缩放成2k，展示上下游2k的信息（Fig 10）。Bed文件为bed6格式，记得加入正负链信息（Fig 11）

Fig 12

利用plotHeatmap绘图（Fig 12-15）

Fig 13 test1

Fig 14 test2

Fig 15 test3