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Linux_conda

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       生信起步第三站，Linux小姐姐的店铺--conda。

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去店铺的必经之路---bzip2

        bzip2是一个无损压缩软件，能够进行高质量的数据压缩，能够把普通的数据文件压缩10%至15%，压缩的速度和解压的效率都非常高！是Linux处理生信数据的必备之物。

• 查看是否有bzip2
  bzip2
  查看是否安装bzip2
• 安装bzip2
  yum install -y bzip2
  安装bzip2

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店铺展示---conda

1.店铺历程

• 了解
          Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，是目前最流行的 Python 环境管理工具。
• 下载
         搜索miniconda官网，根据电脑配置需要进行下载。 miniconda主页下载区
  下载的脚本文件

• 安装
  建立biosoft目录→在biodsoft目录下用wget命令安装下载的脚本文件
  wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  进入biosoft安装miniconda
  进行不成功则采用bash运行安装
  _{（必须要看到成功代码显示，否则只是完成下载，保存文件并不代表安装成功，激活时会报错）}

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
……
Do you accept the license terms?[yes|no]yes ，回车

minconda安装成功

• 激活
  source ~/.bashrc
conda
  

  激活conda

• 添加国内镜像
  1）目的：增加软件下载速度=提速
  2）原因：就是A国软件管理器无法默认从A国以外网站下载东西，conda即是这种东东
  3）镜像：=拷贝数据到别的地方
  4）镜像站：把一个互联网上的网站数据“拷贝”到本地服务器，并保持本地服务器数据的同步更新。国内为清华大学开源软件镜像站 （数据好多！！！小白自己看的话真的看不懂，直接找代码比较善良）。
  终端键入：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

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2.店铺运行

• 查看列表
  conda list
  

  查看列表

• 搜索软件-数据指控软件
  conda search fastqc
  

  搜索数据指控软件fastqc

• 安装软件
  自动安装：conda install fastqc -y
  

  自动安装fastqc

  非自动安装：conda install fastqc
  

  非自动安装fastqc

• 卸载软件
  conda remove fastqc -y
  

  卸载fastqc

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3.店铺环境

conda 环境:就是大店铺里很多一样的小房间，可以放置不同的主题货品。

• 查看
  conda info --envs_{(运行中显示只有一个环境，默认为base)}
  

  查看环境

• 建立新环境
  conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  _{（建立一个环境，名字叫rna-seq，指定python3版本，同时自动安装软件fastqc和trimmomatic）}
  

  建立新的环境
  建立成功.png
  conda info --envs_{(多了一个环境，但小*没有指定新建环境)}
  建立新环境后查看环境.png

• 激活新环境
  source activate rna-seq_{(成功的标志：小*移下去了)}
  

  运行rna-seq

• 运行新环境中的软件
  在rna-seq环境
  键入trimmomatic
  

  尝试运行trimmomatic
  键入fastqc
  尝试运行fastqc

• 卸载新环境中的软件
  conda remove -n rna-seq fastqc -y_{（在rna-seq环境里卸载）}
  

  删除rna-seq 中的fastqc

• 卸载新环境
  source deactivate_{(卸载环境首先要退出此环境，即退出rna-seq环境)}
  conda remove -n rna-seq --all
  

  退出并卸载rna-seq全部

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Xmind

Xmind

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       Day3收获颇丰，兴趣满满✌️继续向前😋

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