TCGA数据分析GEO手机好文

(资源帖)不能放弃的,始终是自己。

2019-05-28  本文已影响341人  9d760c7ce737

(资源在文末)
我很庆幸在30岁的时候学会了编程,在那之前,总是害怕这一生与生物信息无缘了。
从一开始的来来回回3年只能跑别人的代码入不了门,到了后来一个月学习300个小时去当讲师,到现在使用R语言超过2000个小时,一年中我自己能感受到教学相长带来的进步。

比如,我刚能编写代码就想着批量计算生存分析,当时2万个基因要用几个小时,但是现在只需要8s。
8秒完成2万个基因的生存分析,人人都可以!

比如,一开始不知道什么叫图形语法,学习了ggplot2之后,依靠检索一步步画出这样的火山图。

library(ggplot2)
library(ggrepel)
library(dplyr)
libr
data <- topTable(fit,adjust='BH',coef="group_listafter",number=Inf) 
data$significant <- as.factor(data$adj.P.Val<0.05 & abs(data$logFC) > 0.5)
data$gene <- rownames(data)
ggplot(data=data, aes(x=logFC, y =-log10(adj.P.Val),color=significant)) +
  geom_point(alpha=0.8, size=1.2,col="black")+
  geom_point(data=subset(data, logFC > 0.5),alpha=0.8, size=1.2,col="red")+
  geom_point(data=subset(data, logFC < -0.5),alpha=0.6, size=1.2,col="blue")+
  labs(x="log2 (fold change)",y="-log10 (adj.P.Val)")+
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.4))+
  geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+
  geom_vline(xintercept = c(0.5,-0.5),lty=4,lwd=0.6,alpha=0.8)+
  theme_bw()+
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank(),   
        axis.line = element_line(colour = "black")) +
  geom_point(data=subset(data, abs(logFC) > 1),alpha=0.8, size=3,col="green")+
  geom_text_repel(data=subset(data, abs(logFC) > 1), 
                  aes(label=gene),col="black",alpha = 0.8)

之后慢慢地根据自己的想法画图,比如反应免疫浸润整体相关性的泡泡图

然后可以自己定义两基因相关性作图


还可以模仿别人的图表


可以根据自己的审美去配色


遇到不爽的图,自己也可以重洗绘制


可以把lasso的回归图片重新绘制,淡化背景,强化筛选出的基因


然后我知道遇到瓶颈了,所以我开始学习统计,学习grid系统,学习bioconductor的基础包。

学习技能需要时间的,单就R语言来说,有合适的指导,大概30个小时能入门,100个小时的练习后可以自我感觉小成,300个小时的时候能花大部分图,知道如何学习新的知识。所以,一般有人说要学习R语言,我都说两点:

第一,不是每个人都需要学习生信,学习R语言,我学习他,只是因为我跟自己妥协了,我觉得我必须在30岁之前完成这个愿望。
第二,如果要学习,最好拿出100个小时,至少也是30个小时。如果在那个时间之内没有学会,或者感觉自己根本不可能学会,那就庆幸自己以后再也不会在这个问题上纠结。

现在我提供两个资料,让犹豫的同学,及早做判断:(回复“果子学生信”自助获取)
第一,是线下课的导学视频,已经被超过600人测试,里面包括了R语言需要的工作环境配置教程。我要让你在最短的时间内,拥有一个R语言练习的环境。因为很多人,都停留在了这一步,很久很久。


第二,是一个GEO芯片的分析教程,来自于下面这个帖子,他已经被4000多人观看学习,而我的号目前也只有8300人。这个资料里面包含了一段导学视频,教你最快速地完成一个芯片。
来完成你的生信作业,这是最有诚意的GEO数据库教程

现在你可以快速地配置工作环境,跟着教程一步步完全练习,最终你还是觉得这个过程没有任何意思,自己也学不会,那么实际上是件很好的事,你不用再浪费时间纠结了。

如果一不小心,你觉得这件事情很有意思,自己也很感兴趣,恭喜你,你已经在路上,接下来把找本书练习一下R语言基础,然后再完成这30个题目练练手,R语言就熟练了。
高中时秒天秒地的你,是否还会这些数学题?

学习编程让我减少了焦虑,也让我看到大段时间投入后带来的回报。所以那些小时候没有完成的心愿,都在脑子里面蹦蹦跳跳抑制不住了,要学习绘画,学习吉他,学习书法,学习更多好玩的技能。
如果周围有人告诉你,你都这么大年纪了,别搞这些不务正业的事情,不要睬他们,我就是跟自己的内心妥协后才学会了这些技能。
不能放弃的,始终是自己。

上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读