2020-10-25 学习小组Day3笔记--文惠
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Sally_wen
miniconda3的安装，有两种方式：
在进行前，输入uname -a查看linux系统版本
- 复制miniconda3最新的链接，在putty中输入wget + 地址
- 下载好安装包（sh格式），再拖入shell中，bash 安装包进行安装
我以第二种方式安装下来，不需要激活（可以注意看安装后的日志文件，里面写了重启shell即可，不需要用source ~/.bashrc来激活软件）
Conda下载安装软件
以fastqc为例
- conda list 可查看目前有的所有的软件
- conda search fastqc 搜索fastqc软件
- conda install fastqc -y下载安装软件
- conda remove fastqc -y 删除软件
如果出现无法搜索的情况，可能是conda环境没有配置好：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
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conda变量
查看conda变量 conda info --envs
当要处理转录组数据了，需要将软件下载安装好，并建立一个新的rnaseq的conda变量：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
