2018-12-14日总结

看老大Linus视频初感

2.从哪获得学习资源？

​ 除了一定生信技能树的视频，也可后台回复“马哥”获取马哥视频，自己有时间可经常翻阅《Linus命令行与Shell脚本大全》

3.使用Linus的第一步：认识、了解、探索

用命令行与linus系统建立连接，可批量高效处理数据

• 登陆服务器：ssh 用户名@ip地址
• 切换用户：su
• |：管道符，传递数据
• grep：文本搜索

history | grep addu #在history命令得到的结果中检索addu，然后将结果输出到屏幕

• w：显示目前登入系统的用户信息
• 改密码：password

4.如何不用鼠标只用键盘完成各种操作？-去可视化的命令行

抛弃Win 系统下的鼠标操作，用键盘在Linux非可视化界面敲出命令行，

top          #实时动态地查看系统的整体运行情况
which        #查看命令在哪个路径
ps -ef       #查看进程管理器
ipconfig     #查看ip
tab          #补全
mkdir -p     #一次创建多个文件夹
pwd          #进入当前路径
cd -         #回到上一个路径
cd           #回到家目录
history      #查看自己打过的命令
touch        #创建一个文件

ls：蓝色是没有权限，进不去

​ 绿色有权限

5.文本处理的小技巧

划重点：命令+参数+文件（命令、参数和文件之间都有空格）

• cat：查看文件，全部显示

cat test.bed            #查看test.bed的内容
cat > test.bed          #在test.bed里输入内容,按control+c退出

• cat -n：给文件加行号
• head：不输入参数情况下，查看前十行，输入参数 -n，查看正数前n行

​ tail：不输入参数情况下，查看后十行，输入参数 -n，查看倒数后n行

head -n 5 test.bed       #查看正数前5行
tail -n 5 test.bed       #查看倒数后5行

• more：文本很长时，按页显示，按空格键翻页

• less -S: 杂乱无章的文本可以按行显示，往右移可以看见后面的内容

  • “S”为大写
  • 按q退出

• grep：搜索到你想要的并显示出来（大概意思是grep something from somewhere ）

grep H3K4me1 test.bed  #从test.bed中搜索出带有H3K4me1的那一行的内容并显示出来
grep -n H3K4me1 test.bed #想知道含有H3K4me1在第几行，用"-n"

• |：管道符：传递命令

cat -n test.bed | grep H3K4me1 

• Tab:狠狠狠重要，不要自己把字母都打完，按Tab键补全！！！
• wc：计数行

wc test.bed 

• cut：按列切割文本

cut -f 1 test.bed #'-f'的作用是告知cut按列取文本，'1'是取第1列
cut -f 1-3 test.bed #'1-3'是取1到3列

• awk：列之间的填充

cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $0}'  #切割出前三列，打印全部
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1}'  #切割出前三列，打印第1列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $2}'  #切割出前三列，打印第2列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1":"$2","$3}' #切割出前三列，在第1、2列之间加个":"，2、3列之间加 ","

• sort：排序

sort -k2,2nr test.bed |cut -f 1-3 # '-k2，2'按照第2列来排序，'n'是number，'r'是reverse

• tr：将一组自负变成另一组字符

echo $PATH|tr ':' '\n' '\n'相当于换行符

6.如何安装软件？

echo $PATH|tr ':' '\n' #再ls可查看各路径下系统已经装好的命令

若没有可执行的命令，要重新安装软件。

软件安装：

大部分软件需要通过搜索官网找到二进制的源代码下载，例如samtools安装代码入下

cd ~/biosoft
mkdir samtools &&  cd samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2 
tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2    #tar：解压
cd samtools-1.3.1 
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin 
make   
make install
~/biosoft/myBin/bin/samtools --help

安装后用全路径开始调用，能弹出帮助文档即调用成功。

不同文件格式对应不同的解压代码，如下：

'tar' -xZf all '.tar.z '
'unzip' all'.zip'
'bunzip2' all'.bz2'
'uncompress' all '.zip'

7.如何调用？

首先要知道Bowtie2是用来做什么的呢？Bowtie2是一个做比对的软件，要做比对要有参考基因组和fastq测序文件，而参考基因组需要构建索引，所以要我们就要知道Bowtie2如何构建索引，及接下来如何进行比对。

只有是一个可执行软件时才能后调用他，三种方法可以调用：

• 设置变量：先赋值 再$bowtie

• 使用 alias （alias 类似别名）

• 环境变量 echo $PATH、path

  (要想这个软件永久保存，必须要添加到.bashrc里）

环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它。

~/.bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。

source ~/.bashrc  #后永久生效

环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它

~/bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。

fastq文件4行

构建索引就是把fasta文件变成有大小顺序的六个文件。

9.脚本要学会哦

• 文件名不要以数字开头
• 命名时不要"."，"-"，"_"混在一起，会让人困惑。

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