单基因分析single gene analysis

检索框输入目的基因→GOPIA→单基因分析模块

总览（general）

提供基因基本信息以及其他门户、人体组织表达分布；泛癌差异表达散点图、柱状图；基因的不同转录本和相似基因表（与XX基因共表达相关性最高的基因）。

差异表达基因分析（Differential Genes）

点击左侧导航栏Differential Genes→选择瘤种、差异表达基因界值、最小单位、表达上调还是下调、list还是plot。 image.png
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基因在肿瘤中差异表达和共表达的图形绘制（Expression DIY）

①profile子版块绘制基因在肿瘤中差异表达的散点图
②Box plot子版块绘制差异表达的Box图
（a）分析基因差异表达
（b）分析基因集差异表达 ：点signature，
（c）分析某个基因\基因集在肿瘤亚型的差异表达boxplot：点击subtype Filter

Separated：分析各个亚组与正常组的差异（比较常用）

③Stage plot：研究基因和肿瘤分期\子分期的相关性

子分期：①表示该sub分期样本过少，推荐用于主分期无显著差异或者子分期有明显临床意义时候使用

④multiple genes comparison：某种基因集在不同肿瘤中差异表达的热图

生存分析（survival analysis）

①survival analysis分板块：绘制生存曲线，最常用
②Most differential survival genes：识别与该肿瘤生存最相关的500个基因。
③survival map：绘制多个基因和多个肿瘤生存的相关性热图

转录本分析（isoform analysis）同一基因不同转录组分析

①isoform usage（研究某基因不同转录本在某/某些基因肿瘤中的表达分布情况，小提琴图）：
②isoform structure：研究转录本结构

基因间相关性分析（Correlation Analysis）

有目的的验证两个基因之间是否存在相关性

筛选共表达基因（similar genes detection）

已知一个基因，无目的的筛选相关性最强的N个基因

降维分析 dimensionality reduction

*多个肿瘤分开的主成分
*肿瘤和对应正常组织区分的主成分