blast

2022-12-08  本文已影响0人  千容安

下载了恒河猴的pep(蛋白质)数据库(https://ftp.ensembl.org/pub/release-108/fasta/macaca_mulatta/pep/),用makeblastdb命令格式数据库,-dbtype选prot,ncol是核酸
makeblastdb.exe -in ..\db\Macaca_mulatta.Mmul_10.pep.all.fa -dbtype prot -out Ma -parse_seqids
在bin下运行的,生成的文件要挪到和.fa一个文件夹下

然后用blastx,因为下载的序列Rh.fa是核酸
..\bin\blastx.exe -task blastx -query Rh.fa -db Ma -out text.txt -outfmt 6


用人的序列比较mixcr和blast的结果
先下人的nt.xx.tar.gz
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

再下载Taxonomy 数据库

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid.gz
wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
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