下载GDC hub所有counts数据
2019-04-30 本文已影响9人
王诗翔
使用dplyr筛选,使用UCSCXenaTools下载,就下面几行代码~ 想下载其他数据再下面的基础上改动即可。
library(dplyr)
library(UCSCXenaTools)
XenaData %>%
filter(XenaHostNames == "gdcHub") %>% # 选择GDC hub
filter(XenaCohorts != "GDC Pan-Cancer (PANCAN)") %>% # 过滤掉Pancancer数据
filter(Label == "HTSeq - Counts") %>% # 选择counts数据
XenaGenerate() %>%
XenaQuery() %>%
XenaDownload() # destdir可以指定下载路径