生物信息学与算法生物技术BioStat

下载GDC hub所有counts数据

2019-04-30  本文已影响9人  王诗翔

使用dplyr筛选,使用UCSCXenaTools下载,就下面几行代码~ 想下载其他数据再下面的基础上改动即可。

library(dplyr)
library(UCSCXenaTools)

XenaData %>% 
    filter(XenaHostNames == "gdcHub") %>%  # 选择GDC hub
    filter(XenaCohorts != "GDC Pan-Cancer (PANCAN)") %>% # 过滤掉Pancancer数据
    filter(Label == "HTSeq - Counts") %>% # 选择counts数据
    XenaGenerate() %>% 
    XenaQuery() %>% 
    XenaDownload() # destdir可以指定下载路径
   
上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读