HiC质控-HiCUP

HiC质控和fastqc有一些类似

HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程，它们是用于研究三维基因组组织的技术。流程比对数据到一个指定参考基因组，并去除可能阻碍随后分析的假象。HiCUP也产生一个易于解释，但详细的质控（quality control，QC）报告。（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/）

安装：

不用安装，直接下载就好。

运行：

1. 对参考基因组建立索引

bowtie2-build 1.fa,2.fa,...,MT.fa human_GRCh37

2. Using HiCUP Digester create a reference genome

hicup_digester --genome human_GRCh37 --re1 A^AGCTT,HindIII all.fa

注：genome后面的参数只能用字母，加上路径就不能运行

从运行结果，可以看出，这一步是根据限制性内切酶去全基因组扫描，然后分割。作为验证，可以很方面的看出gi|224589800|ref|NC_000001.10|染色体16007 开始的序列是AAGCTT，也就是限制酶的序列。

3. 生成配置文件

命令：../hicup --example

编辑hicup_example.conf文件

测试数据的配置文件如下：

4. 运行HiCPro

../hicup --config hicup.conf

运行结果，因为是同一个单位开发的，所以输出结果也类似：

比如这个是，比对的基本信息：

这是，需要过滤掉reads的统计：

这个是利用限制性酶切基因组后di-tag长度的分布：