scanGEO：整合多个GEO数据集

之前我写了shinyGEO，今天再给大家介绍一下ScanGEO。
照惯例，先给出文章：

ScanGEO: parallel mining of high-throughput gene expression data

背景

以往分析GEO的工具都只能同时分析一个研究(study)或一个基因，比如我之前讲过的shinyGEO一次只能分析一个study。但现实情况显然没有这么简单，有时候我们还需要分析与特定基因集相关的多个研究。因此，scanGEO应运而生。

网页版：http://scangeo.dartmouth.edu/ScanGEO/
R语言版：https://github.com/StantonLabDartmouth/AppScanGEO

示例

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1. 这里，我物种选择人类，搜索关键词选择『lung cancer』，共搜索到26个研究。此时『Significant Genes』和『Significant Studies』是没有信息的。
   

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2. 点击『KEGG Pathway』，选择『Cell Cycle』，选择选择与细胞循环通路相关的信息，如下图

然后点击『Scan』，选择显著性水平，最后点击『ScanGEO』，等待数分钟

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3. 查看结果
   点击『Significant Genes』，可以看到Cell Cycle通路中的某个基因在人类肺癌相关数据集中显著的次数。
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点击『Significant Studies』，如下图所示。

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总结

R语言版本的我就不写了，网页版也挺好用的，就是网速不能太慢~~
另外，你也可以直接搜索某些基因，就是点击『Custom Genes』，然后输入感兴趣的基因或基因集。

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