structure图绘制(二)----vcf格式文件的合并与转换

在绘制structure堆叠图之前，你常会遇到这样一些问题。测序后得到SNP文件(vcf格式)有很多，如何把众多的vcf格式的文件合并为一个？合并后的文件如何进行进行格式转换为bed格式用于绘制strcture图？下面介绍如何批量合并以及格式转换方法。(确保已经安装bcftools,vcftools,plink)

1.将bcftools,vcftools,plink分别移动到环境变量中

echo $PATH //可以查看当前path下有什么，下图中目录下的都被作为环境变量进行加载了。

选择其中一个路径/Users/bcl/tools,把工具bcftools,vcftools,plink放入该文件夹。

cp -r /Users/bcl/Desktop/structure/bcftools-1.9/bcftools  /Users/bcl/tools
cp -r /Users/bcl/Desktop/structure/vcftools_0.1.13/bin/vcftools  /Users/bcl/tools
cp -r /Users/bcl/Desktop/structure/plink_mac_20190617/plink  /Users/bcl/tools

file

2.如何把众多的vcf格式的文件合并为一个vcf格式

压缩与索引并合并代码如下：

cd /Users/bcl/Desktop/structure/test          //cd到你存放vcf格式文件的文件夹中。
for i in *.vcf
do
bcftools view ${i} -Oz -o ${i}.gz           //vcf格式压缩为vcf.gz格式
bcftools index ${i}.gz                      //为vcf.gz建立索引
done
bcftools merge *.vcf.gz -o merge.vcf        //将所有的vcf.gz文件合并为一个。

file

3.如何vcf格式转换为可以使用的bed格式

(1)将vcf格式转换为ped和map格式
代码如下：

    vcftools --vcf merge.vcf --plink --out merge  //merge.vcf为你所要转格式的文件，merge为你最终形成的文件名。

(2)利用plink使得ped,map文件生成bed文件。

plink --file merge --out  merge      //file后的为ped,map格式文件名(不含扩展名)，out后为生成bed格式文件的文件名(不含扩展名)