单细胞测序

单细胞ATAC技术出现使得ATAC精确到细胞级别

2023-03-29  本文已影响0人  深圳大学在读生信菜鸡

第一个单细胞ATAC数据是2015年由Greenleaf(Buenrostro, Wu et al. 2015)和Shendure(Cusanovich, Daza et al. 2015)实验室的分别发布Nature和Science期刊上,他们通过对ATAC-seq protocal的传统protocal进行修改获取了几百~上万个细胞。

简单来说,单细胞ATAC是单细胞技术和传统ATAC-seq的结合体。

单细胞ATAC和单细胞转录组的实验建库有一个很明显的差异,那就是单细胞转录组是必须要活体细胞,且是提取细胞胞质里的RNA序列,而单细胞ATAC是提取核内DNA,对细胞的状态要求较低。

细胞是生命活动的基本单位,真核生物中还存在大量的顺式调控元件,在细胞发育过程中,远端的非编码区域的表观状态往往比基因表达水平的变化要大得多,而单细胞ATAC技术就是实现这一目标的可靠手段之一。相比于传统的ATAC技术来说,单细胞精度更高,且可以观测到细胞全基因组表观ATAC的整体变化

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