学习小组Day6笔记-sukie

学习R包

1、镜像设置
编辑R的配置文件.Rprofile，Rstudio启动时会运行这个文件，相当于开机启动镜像配置。配置操作如下：
file.edit('~/.Rprofile')
在弹出的Rprofile框中添加options代码：

来自生信星球
# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像

保存，重启Rstudio，运行options()$repos 和options()$BioC_mirror查看配置。

image.png

2、安装
R包安装命令install.packages("包")或者BiocManager::install("包")。取决于要安装的包存在于CRAN网站还是Bioconductor。
3、加载
加载命令包括：

library(包)
require(包)

安装加载三部曲（来自生信星球）

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

示例数据
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
上述安装包dplyr五个基础函数使用：
1）mutate(),新增列

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2）select()，按列筛选
按列号筛选：
image.png
按列名筛选：
image.png
注：
vars() :A character vector of variable names. When called from inside selecting functions like.
3)filter()，筛选行
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4）arrange()，按某一列或某几列对整个表格进行排序
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5）summarise()，汇总
对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强。
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dplyr使用技能
1、管道操作%>%(cmd/ctr+shift+M)

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2、count统计某列的unique值
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dplyr处理关系数据
将2个表进行连接，注意不要引入factor??

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