DNase-seqlinux

IGV的使用

2020-08-16  本文已影响0人  byejya

IGV需要的文件:比对文件为                   bam和bam.bai文件

                           参考基因组文件为         .fa文件

比对文件处理:sam -> bam

                                        -> bam.sorted

                                                                   -> bam.bai

(三步)

代码:samtools view-bS abc.sam>abc.bam    (最终samtools view -Sb -T /mnt/S30/database/tair10/tair10.fa one_pair._2sam >sample_with_header.bam)

           samtools sort tmp.bam -o tmp.bam.sort (最终 samtools sort sample_with_header.bam -o sample_with_header.bam.sort)

                                                                                 【修改:注意因为要从服务器下到windows上看,最好把它写成xxx.bam,不然windows识别不出】

           samtools index abc.bam.sort (最终 samtools index sample_with_header.bam.sort)

实操:

问题1

需要header

解决方法:pysam有加header的方法,这次先手动复制。 不行

                  samtools view -Sb -T genome.fa sample_no_header.sam >sample_with_header.bam(https://flystar233.github.io/2018/11/20/sam-header/)  成功

sam无head则无法将sam转bam,但使用 -T(用参考基因组的)可解决 参考

另记:bam没header时也有办法加

samtools reheader 的方法 或者转时加上-h

不能用 -n

不能-n

否则会出以下错误:

sort时加 -n会有问题

IGV使用注意:

1.文件路径不能有中文

2.bam和.bai文件同时都需要,放一个文件夹比较好。

参考

全部加载后双击能查看

结果 结果看起来挺有意思

下一步是解读结果。目前看似乎是接近想要的结果。

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