利用DAVID在线进行富集分析

DAVID搞定功能通路富集分析

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说起DAVID，没有涉及过高通的小伙伴们会以为这是一个人名，而对高通量稍有了解的人就会知道其实它是一款在线免费分析软件，主要用于差异基因的功能和通路富集分析，对很多科研工作者来说，是个非常好的工具，那今天我们就来看一下它是如何使用滴。

在DAVID的操作前，我们需要了解清楚咱们的起始数据源是什么样子的，很简单，一组基因列表即可，如下图：

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接下来，正文开始啦啦啦..............

 如何进入DAVID呢？很简单，打开网址https://david.ncifcrf.gov/，就OK啦，显示界面如下，并点击 Start Analysis。

  现在我们具体看一下DAVID的使用流程，我截了个图，并且在图上用数字进行了标注，大家按照标注序号一步步进行即可。

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1——将基因列表复制拷贝到空白框中；2——选择基因名称类型，一般都OFFICIAL GENE SYMBOL（基因的官方名称），但主要还是根据基因列表的情况来进行选择；3——勾选 gene list；4——提交基因列表。 提交完成后，网页需要反映一会会……., 界面会弹出如下提示框 ，按确定即可。

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接着往下走………

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按照如上流程进行，1 list1——2 Use——3选择物种“大鼠”——4 点击Select Species——5 点击 Functional Annotation Chart , 其中注意，第2步和第4步都需要反应一会，不要着急，慢慢来，最后显示界面如下：

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接着上一步，显示如上图界面，首先把所有默认选项都清空，只选择Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后点击 Functional Annotation Table，结果就出来了，So Easy。

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 为了方便大家查阅结果，可以点击右上角的Download File 按钮，将结果进行复制保存。其中结果包括功能和通路两部分，可以后期编辑时将它们分开存放。

 DAVID的使用就介绍到这里，简单来说，就是您有一批差异基因数据，想看看它们主要参与了那些功能和通路，通过以上DIVID的操作流程就能搞定了。注意：大家在使用该网站时，经常打不开，这时建议大家换一下浏览器。