scrna相关代码

【小脚本】统计各个cluster的细胞数和细胞比例

2020-06-29  本文已影响0人  Geekero
Count2Ratio<-function(sam){
  df<-(t(table(sam@meta.data[c('orig.ident', 'seurat_clusters')])))
  df<-as.data.frame(df)
  df<-dcast(df, seurat_clusters~orig.ident)
  write.table(df, file='./count.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
  
  for(col in colnames(df)){
    if(col=='seurat_clusters'){
      next
    }
    print(col)
    # all_sum = sum(df[col])
    # print(df[col])
    df[col]<-prop.table(df[col])
  }
  write.table(df, file='./ratio.xls', sep='\t', quote=F, row.names=F)
}
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