1. Linux和服务器的了解

简略了解

• Linux，全称GNU/Linux，是一套免费使用和自由传播的类UNIX操作系统，其内核由林纳斯·本纳第克特·托瓦兹于1991年第一次释出，它主要受到Minix和Unix思想的启发，是一个基于POSIX和Unix的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。它能运行主要的Unix工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。Linux有上百种不同的发行版，如基于社区开发的debian、archlinux，和基于商业开发的Red Hat Enterprise Linux、SUSE、oracle linux等。（资料引用百度百科）

2. 生物信息和linux 服务器

许多软件都是C或者perl开发的

• 据查阅资料开发生物信息专业软件的人员，和专业软件领域的程序员还是有很大的区别的，他们多半是生物专业的，而后又学习的编程，所以大多可以自由选择开发语言，很少有外部因素说，你必须使用某种语言，所以基于某种算法的实现，多选择C语言开发，应用型的，多选择perl、paython，选择java的少。

开发人员都是使用linux写的C或者perl

• 用C或者perl开发，基本上都选择linux，因为其实开源的、免费得，更为关键是其天生具备C或者perl的开发环境，很容易的就可以进行软件的编译、调试。

软件都是以源代码形式发布的

• 生物信息软件开发多半是独个大牛或者一个小型的团队，以研究为目的，主要目的是算法的实现，而不是软件的推广与应用，或者以用户使用数目为第一目的（盈利），软件的发布形式是源代码。而编译不同操作系统的二进制包是件枯燥而麻烦的事情，没有人愿意做这样的事情，同时因为是科研，也是崇尚公布源代码。所以做数据分析你使用很多的软件的发布都是这样的形式，只有非常少数的、普遍使用的软件才会有不同操作系统的二进制包，比如windows下的安装包。如果发布形式是源代码，这些软件的开发基本上都在linux下完成的，安装的过程包括配置、编译、测试、安装。软件编译安装环境，而许多软件都会使用第三方库，软件运行环境，包的依赖关系。

3. 学习服务器登录

• 作为一个Windows操作系统用户，如果想要连接Linux服务器来进行文件之间的传送，那么需要一个Secure Shell软件（简称SSH的）。实际上，SSH是一个网络协议，允许通过网络连接到Linux和Unix服务器。SSH使用公钥加密来认证远程的计算机。通常有多种途径使用SSH，自动连接或是使用密码认证登录。

Windows下连接Linux的ssh工具有哪些？参考资料：https://blog.csdn.net/u013457167/article/details/90112530，https://jingyan.baidu.com/article/b907e62787518146e6891c7b.html

putty

• putty是一款开源免费的ssh连接工具，而其他两款都是收费的。后面学习基于此工具。

secureCRT

• secureCRT是一款收费的ssh连接工具，没有试用期，在安装完毕后，必须输入license才能使用，一般都是企业使用的产品。

xshell

• xshell也是一款商业级别的ssh连接工具，平时自己使用的时候可以下载评估版本，只要不在公司里使用即可。

MobaXterm方式远程连接

• MobaXterm Pro是一款强大的多功能终端软件，用户可以通过软件创建SSH，Rlogin，RDP，VNC，XDMCP，FTP，SFTP等终端，让启动远程会话变得十分方便。该软件集成了Xshell和Xftp5的功能，左边是界面显示的，支持本地编辑；右侧可以在命令终端进行各种操作。同时支持本地文件与云服务器同步，直接拖动到左侧边栏即可。
• 登录界面

4. 学习服务器的基本操作

1. Linux管理文件和目录的命令

• pwd
• ls
• mkdir
• cd
• grep
• touch
• rm

2.有关磁盘空间的命令

3.文件备份和压缩命令

4.有关关机和查看系统信息的命令

5.管理使用者和设立权限的命令

6.线上查询的命令

7.文件阅读命令

8.网络操作命令

9.定位查找文献的命令

10.其他命令

5. 作业

• 进入tmp目录，然后查看当前路径，然后返回主目录
• vi 新建一个文本 hellow_world.txt用 less ，cat，等查看
• vi学习
• 将hello_world.txt复制一个新文件 new_file.txt
• 将新文件new_file.txt文件重命名为home.txt
• 将文件home.txt移入 home 文件夹下并查看

6. 详细学习命令

• ls
• 查看系统版本:lsb_release -a
• 查看内核版本:uname -a
• 查看硬盘空间情况df -lm
• 查看内存:free -m
• mkdir命令
• 怎样删除这些层级目录 rm -r

总结

学习小组-day2-Mingwei Guo