miniconda安装 R指定版本
2021-12-30 本文已影响0人
嗷嗷叫的多多
多数资料来自:conda管理生信软件一文就够 (qq.com)
下载miniconda
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
根据提示一步步安装即可:
Please, press ENTER to continue
>>>
# 此处直接点击enter即可
===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键,直到出现下面行
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
# 这里输入yes,点击enter
# 如果输入错误,比如输入yess,又删除不了,此时你应该按enter,重新输入yes即可
[/home/you/miniconda2] >>> /usr/local/software/miniconda
# 遇到此处时,直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径,可以直接更改安装位置
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>>
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes,目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是:~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下:
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......
Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功
# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后,本身就是没有任何提示
conda --help
# 出现conda的帮助文档信息,即表明conda安装成功
# 这里很重要,不管安装什么软件,都要检测是否安装成功!
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
......
# 继续调取conda子命令的帮助文档,如
conda create --help
conda install --help
#配置镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show
到这里,conda安装成功
下面安装R4.1.2
conda create -n R4.1.2
# 创建一个小环境名为R4.1.2
conda env list
# 查看conda 小环境
source activate rna
# 激活小环境
conda deactivate
# 退出当前环境
conda env remove --name R4.1.2
# 移除环境
# 在环境中安装软件
conda info --envs # 查看环境
conda list #查看当前安装的软件
conda install r-base==R4.1.2 #安装R语言
conda install r-stringi # R包 以 r- 开头