生物信息学

学习一点perl单行命令知识

2020-03-13  本文已影响0人  刘小泽

刘小泽写于2020.3.13
推荐一本书:《Perl One-liners:130 Programs That Get Things Done》
Perl one-liners will make you a shell warrior

必须了解的参数

perl的一个强大之处在于它的模块库:CPAN,包括超过100,000的模块,其中一个就是List::Util,用来调用其他的实用功能(例如sum)。不过这个不需要安装,它是perl自带的

基础的语句

只有匹配到带有特定字符的行,才替换

perl -pi -e 's/you/me/g if /we/' file

只有包含数字的行,才替换

perl -pi -e 's/you/me/g if/\d/' file

统计出现重复的行

perl -ne 'print if $a{$_}++' file

得到每行的行号

默认使用空格,如果把$.$_放一起,就是空格分隔,左边是行号,右边是每行信息;当然可以用其他分隔符,例如:$.:$_

perl -ne 'print "$. $_"' fle

它等同于:perl -pe '$_ = "$. $_"' file ,就是把$. $_的内容赋值给了原来的$_,然后再输出

得到重复的行和行号 =》 组合上面两个单行命令

perl -ne 'print "$. $_" if $a{$_}++'

加和
perl -MList::Util=sum -alne 'print sum @F'
12 13 # 这里输入
25 #这里输出

其中-MList::Util 表示导入模块;-a参数把输入的内容按空格分隔后,存到了@F中,然后求和

找某天的日期
# 100天前
perl -MPOSIX -le '@t = localtime; $t[3] -= 100; print scalar localtime mktime @t'
# 100天后
perl -MPOSIX -le '@t = localtime; $t[3] += 100; print scalar localtime mktime @t'
获得8位字母的密码
perl -le 'print map { ("a".."z")[rand 26] } 1..8'

"a".."z"获得a-z字母;随机挑一个;挑了8次

数学计算
perl -lane '$sum += $F[0]; END { print $sum }'

-a参数将行拆分成许多fields,存到@F中;然后将第一列$F[0] 加和:$sum+=$F[0] ;运行结束后,输出最后结果

以冒号为分隔符,获取第一列
perl -F: -alne 'print $F[0]' file

加个换行符(多空出来一行)

# 方法一:$\ = OFS in awk (output filed seperator)
perl -pe '$\ = "\n"' file
# 方法二:
perl -pe 'BEGIN { $\ = "\n" }' file
# 方法三:
perl -pe '$_ .= "\n"' file
# 方法四(最清爽的方法):
perl -pe 's/$/\n/' file

加两个换行符是这样

# 方法1. set output seperator 
perl -pe '$\ = "\n\n"'
# 方法2. connect at last
perl -pe '$_ .= "\n\n"'
# 方法3. replace
perl -pe 's/$/\n\n/'

一般单行命令是通过管道接受前面的结果,然后进行处理

打印同一字符串多次

# 1. inserts seven newlines after each line
perl -pe '$_ .= "\n"x7'
# 2. print several times
perl -e 'print "foo"x5'
# or
perl -e 'print "a"x1024'

行前加换行符

# s/regex/replace/
perl -pe 's/^/\n/'

移除空行

Note:Windows uses two characters for the newline.

# -n just execute not print(-p)
perl -ne 'print unless /^$/'

or

# use -l (chomp automatically, to remove the newline at the end)
perl -lne 'print if length'
# means: print the line if it has some length

or remove all spaces/tab (if contains any white character)

perl -ne 'print if /\S/'

Perl’s motto is There’s More Than One Way To Do It 【TIMTOWTDI and pronounced “Tim Toady“】

去掉空格

perl -pe 's/ +//g'

or remove all spaces, tabs, newlines...

perl -pe 's/\s+//g'

or change multi spaces into one

perl -pe 's/ +/ /g'

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