Science:致病性变异影响心肌病组织的细胞组成和单细胞转录图

2022-08-16  本文已影响0人  熊猫人和熊猫猫

心肌病相关学术概念:

  • 扩张型心脏病(DCM):是一种普遍的心肌疾病,每250个人中便有1个病例,其特征是左心室(LV)扩张,心肌细胞减少并伴随纤维化,如此便导致心脏收缩能力受损。
  • 心律失常性心机病(ACM):同样会引起心室功能障碍,通常伴随心律失常和纤维脂肪堆积,表现明显的右心室(RV)受累。

这两种疾病都可能是由遗传原因引起的。
文献链接:Pathogenic variants damage cell composition and single cell transcription in cardiomyopathies | Science

假设不同基因的致病突变会引起不同的单细胞分子表型,为了解决这一问题,作者使用单核RNA测序(snRNAseq)对晚期DCM和ACM患者的心脏与非衰竭供体(对照)心脏相比,研究了心力衰竭发病的分子机制。

研究思路概览

1. 实验设计

1.1 临床研究队列

取样部位: 全厚左心室游离壁、心尖、间隔和右心室游离壁

1.2 分析分组
疾病类型 分组 致病突变情况 样本数量
DCM group 1 LMNA 12
DCM group 2 RMB20 8
DCM group 3 TTN 12
DCM group 4 PVneg 8
ACM group 5 PKP2 6
图1. 研究队列汇总;图A. 正常心脏&疾病心脏的解剖和组织学比较:DCM左心室扩张且伴随纤维化,ACM右心室扩张伴随纤维脂肪变性;图B. DCM和ACM中致病突变的功能示意图:括号内数字表示该基因型对应的患者个数,患者数目大于5个的致病突变显示为粗体

其他队列入组信息(图2A):

  • 研究队列中有15种基因型(PLN, BAG3, DES, FLNC,FKTN, TNNC1, TNNT2, TMP1, DSP)由于数量较少,在后续分析中被排除(除非有提示)
  • 研究队列中男性居多(患病组60%; 对照组72%),作者也有基于性别的比对分析,但是差异不太显著,因而没有在正文内详细描述
  • 患者平均年龄48岁

其他临床信息:

  • LMNA、TTN和PVneg患者左室功能障碍相似
  • RBM20患者左室扩张更大,收缩力降低
  • PKP2患者,右心室功能降低
  • LMNA、TTN的患者比其他组接受了更多的起搏器或再同步化治疗

2. 细胞异质性分析

  • LV和RV样本的对比分析:解释了DCM和ACM的细胞类型和组成状态,分子信号表达和细胞间通讯的差异
  • 疾病组与对照组的对比分析:通过细胞类型,细胞组成,基因表达差异解析患病机制

2.1 单细胞核转录组数据整合分析

(1)整合分析的细胞核数:患病组(500k);健康组(380k)
(2)中值UMI区间:[1000-6000]umi/nuclei (图2B)
(3)聚类鉴定出10种主要的cluster:心室心肌细胞(CMs)、成纤维细胞(FBs)、脂肪细胞(ADs)、周皮细胞和平滑肌细胞(壁细胞、MCs)、内皮细胞(ECs)、免疫细胞(髓系和淋巴细胞)、神经元(NCs)和肥大细胞,细分的话又可以分为71种不同的细胞转录状态。(图2C)


图2. 单细胞核转录组数据整合;图A. 研究队列信息:区分年龄、性别和致病基因;图B. 队列中每例样本的实验质控信息;图C. 心脏的取样部位展示(以上单细胞核转录组测序均使用10X Chromium 3′ chemistry),UMAP图共展示881,081个单细胞核,总计10种细胞类型

2.2 疾病基因型相关的细胞类型比例变化

(1)左心室的细胞类群分析:除LMNA基因型之外,其余分析组与对照相比,均表现出心肌细胞减少;除PKP2基因型之外,其余分析组均表现出内皮细胞和免疫细胞增加(图3 A&B)
(2)右心室的细胞类群分析:除TTN基因型之外,其余分析组与对照相比,均出现心肌细胞减少;内皮细胞仅在LMNA,TTN,RBM20中显著增加;免疫细胞并没有太大变化(图3 C&D)
(3)由于成纤维细胞并没有在LVs和RVs的患病组中显著增加,因而组织病理学所表现的纤维化并不是增殖产生的


图3.DCM和ACM中的致病突变改变了心脏的组织病理学和细胞组成:图A. 上部条形图:对照组LVs的细胞类型平均占比;下部热图:不同基因型的细胞类型占比热图;占比信息通过颜色表示,红色表示高于对照,蓝色表示低于对照,P值表示有显著的比例变化(FDR≤0.05);图B. LV不同基因型的细胞丰度比对热图:红色表示c1/c2相比对照增加,蓝色表示c1/c2相比对照降低,FDR显著性如图A ; 图C.上部条形图:对照组RVs的细胞类型平均占比;下部热图:不同基因型的细胞类型占比热图;图D. RV不同基因型的细胞丰度比对热图:图例信息如图B

2.2.1 心肌细胞

SMYD1表达异常,会对心肌功能产生严重的影响,是心肌病患者早期临床表现的主要诱因,通常具有较差的预后

(5)个别分析组(PKP2)的心肌细胞亚群中FNIP2基因表达显著上调(抑制AMP活化蛋白激酶的激活和氧化代谢)(图4 F)


图4. 心肌细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A.所有组织中的心肌细胞UMAP图;图B. VCM1.1和VCM1.2的丰度分析箱线图:横坐标表示不同基因型,纵坐标表示该类型细胞占比;图C. MYH7&MYH6在不同基因型心肌细胞群中的异质性分析:颜色深浅表示相比对照组的fold-change值,圆圈越大表示显著性越高;图D. 单分子RNA荧光原位杂交显示DCM样本的SMYD1表达降低:以PLN为例,存在致病突变的DCM心脏样本的心肌细胞中(PLN致病突变用TNNT2转录本鉴别),其SMYD1表达与对照相比显著降低,细胞边界用WGA染色(绿色),细胞核用DAPI染色(蓝色);图E.免疫组化染色:以TTN为例,相关致病突变组心肌细胞中SMYD1蛋白降低;图F. 单分子RNA荧光原位杂交显示PKP2样本的FNIP2表达增加:FNIP2的表达以红色点表示

2.2.2 成纤维细胞

图5. 成纤维细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A. 所有组织中的成纤维细胞UMAP图;图B.vFB2和vFB3在对照组和各种基因型疾病组的丰度差异;图C. vFB2显著高表达促纤维化基因IL11;图D.左心室vFB2细胞亚群中TGF β激活的通路评分在不同处理组中的差异;图E. 单分子RNA荧光原位杂交显示,疾病组与对照相比,其vFB3细胞CCL2基因表达降低(vFB3细胞通过DCN染色);气泡图显示了不同基因型的LV vFB3中CCL2表达的log2倍变化(log2FC)和显著性[-log10(FDR)];图F. EGFR和AGTR1在不同基因型间的表达差异:红色表示表达高于对照,蓝色表示表达低于对照;图G. TGFβ在不同基因型间的表达差异,气泡颜色和大小意义如图F;图H. 胶原蛋白形成相关基因在不同基因型的表达差异;图I. 羟脯氨酸测定(HPA)定量每个基因型的心脏胶原蛋白含量:p值表示有显著性差异

2.2.3 周皮细胞,平滑肌细胞

2.2.4 内皮细胞

图7. 内皮细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A. 所有组织中的内皮细胞UMAP分群图;图B. 不同EC细胞在各基因型间的丰度分布:下部热图,红色表示丰度高于对照,绿色表示丰度低于对照,p值表示存在显著差异;图C. DCM左心室的细胞状态丰度比:红色表示C1/C2与对照相比比例上调,蓝色表示C1/C2与对照相比比例下调,P value值表示显著性差异;图D. EC7亚类细胞的差异表达分析气泡图:横坐标表示差异表达的基因,纵坐标表示不同基因型,气泡的颜色表示在各基因型间差比表达的foldchange,气泡的大小表示差异显著性;图E. 单分子RNA荧光原位杂交检测了DSP致病突变基因型存在BMP6高表达(红色荧光)

2.2.5 髓系细胞

图8. 髓系细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A. 所有组织的髓系细胞UMAP分群图:灰色矩形框内为单核吞噬细胞;图B. 与对照组相比,疾病组中的增殖型髓系细胞丰度更高,P值表示差异显著性;图C. 细胞丰度分布图:上部条形图为各亚型髓系细胞在对照组中的占比,下部热图为不同基因型组与对照组丰度比的foldchange热图,红色表示高于对照,蓝色表示低于对照,p值表示存在显著性;图D. 抗原呈递(MHCII基因表达富集)评分箱线图:横坐标表示不同基因型,纵坐标表示MHCII基因表达富集评分

2.2.6 淋巴细胞

CD4+辅助T细胞是心肌病和心肌炎发病机制的关键驱动因素

(4)LMNA基因型的CD4T(act)存在显著的TBX21表达上调(促使Th1极化)(图9D)
(5)与其他分析组不同的是,PVneg组的Th2极化因子GATA3显著下调(图9D)

图9. 淋巴细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A. 所有组织的淋巴细胞UMAP分群图;图B. 细胞丰度分布图:上部条形图为各亚型淋巴细胞在对照组中的占比,下部热图为不同基因型组与对照组丰度比的foldchange热图,红色表示高于对照,蓝色表示低于对照,p值表示存在显著性;图C. NK CD16(high),CD4T(act),CD8T(trans)亚类细胞的差异表达分析气泡图:横坐标表示差异表达的基因,纵坐标表示不同基因型,气泡的颜色表示在各基因型间差异表达的foldchange值,气泡的大小表示差异显著性;图D.CD4T(act)的Th1,Th2,Th17signatrues在不同基因型间差异表达气泡图:气泡大小表示参与表达的细胞占比,气泡的颜色表示平均表达量

2.2.7 神经细胞

图10. 神经细胞在对照组、DCM、ACM中的状态:图A. 所有组织的神经细胞UMAP分群图;图B. 气泡图显示神经细胞的marker基因:气泡大小表示细胞比例,颜色深浅表示平均表达量;图C. 左右心室的NC1.1、NC1.2在不同基因型间的丰度分析,P值表示有显著的比例变化;图D. 单分子RNA荧光原位杂交显示AJAP1和NRNX1共定位:图中所示为PLN存在致病突变的DCM左心室样本NC1.2状态,AJAP1(红色),NRNX1(青色)

2.2.8 脂肪细胞

2.3 GWAS基因在心肌病中的差异表达分析

全基因组关联分析(Genome wide association study,GWAS)是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状(即表型),进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。

GWAS基因的细胞特异性表达变化可能会提高对其生物学效应的解释

(1)多个基因表现出细胞类型特异性表达,尤其在心肌细胞(CMs)中 ,如下ALPK3,BAG3, FHOD3, FLNC, HSPB7, MLIP, SLC6A6,SMARCB1, SVIL, TTN基因显著高表达(图12)
(2)热休克蛋白HSBP7在TTN LVs 和 LMNA,PKP2 RVs表达降低(图12)
(3)SLC6A6是一种具有心脏保护作用的牛磺酸和氨基酸转运体,除PKP2和PVneg两个分析组外,所有基因型的左心室和右心室样本中均有增加(图12)
(4)CDKN1A是一种细胞周期调节因子和凋亡调节因子,在LMNA组LVs的心肌细胞(CMs)中增加,而在RVs中没有增加(图12)
(5)MTSS1作为一个在不同细胞类型中广泛高表达的GWAS基因,它编码一个假定的肌动蛋白-细胞骨架相互作用因子,不过其在髓系细胞中存在普遍的高表达(不同基因型之间的差异不大),同时在LMNA组中的周皮细胞,成纤维细胞中表达增加,预示着对心肌细胞存在直接影响(图12)
(6)SLC39A8编码一种心脏溶质载体(基因表达普遍低),其在不同基因型的疾病组心肌细胞中表达没有显著差异,但却在LMNA和TTN的疾病患者内皮细胞中表达增加(图12)


图12. GWAS gene在LV和RV的基因表达分析:上部横坐标显示对应GWAS基因,下部横坐标表示标准化的基因表达量,左侧纵坐标显示不同基因型,右侧纵坐标显示对应细胞类型,红色表示相比对照高表达,蓝色表示相比对照低表达, *表示差异显著

3. 预测cell-cell相互作用

通过检测编码受体和配体的基因的表达,可以推断细胞间的信号传导和通信

图13. 细胞相互作用和基因型特异性转录反应的识别:图A. 与对照相比存在显著差异的信号通路富集热图(多种基因型存在共享);图B. 与对照相比存在显著差异的信号通路富集热图(各基因型特异性富集):颜色深浅表示交互强度(红色为高表达;蓝色为低表达),星号表示有统计学意义,破折号表示在对照组活疾病组中未检测到表达;图C:IGF、BMP、NRG信号通路的细胞间通信分析:线的粗细表示发送或接受细胞信号的相互作用强度,线的颜色表示与对照相比的表达强度(红色为高表达,蓝色为低表达);图D:上半部-由GAT预测的不同细胞类群的基因型,下半部-通过堆积柱形图展示GAT预测的个体患者基因型可能性

4. 基因型特异性表达模式识别

作者使用机器学习的算法graph attention network(GAT),基于4种主要的左心室细胞(心肌细胞,成纤维细胞,内皮细胞,髓系细胞)的多项转录表达模式,对待测数据的基因型进行分类,能够准确预测基因型如LMNA, TTN, RBM20, PKP2和PVneg。

(1)GAT的预测准确性因细胞类型而异:心肌细胞(0.93)> 成纤维细胞(0.92)> 髓系细胞(0.85)>内皮细胞(0.79)(图13D-上半部)
(2)4种细胞类型的预测结果整合进一步提高了基因型预测的准确性,最终可以获得一个高置信模型(图13D-下半部)

5. 讨论和总结

(1)尽管研究对象为不同患者心脏(接受的治疗手段各不相同),但在同种基因型的PVs中检测到一致的基因表达谱,而不同基因型之间差异明显
(2)转录表达谱在不同细胞类型中差异多样化,这是bulk RNAseq水平不能揭示的
(3)尽管DCM和ACM在解剖学和组织病理学上存在差异,但是研究发现其心室组织的细胞组成是相似的,而且DCM LV与ACM RV极其相似
(4)心肌病患者与健康人相比,其心室组织中的心肌细胞显著减少,而内皮细胞和免疫细胞比例均有增加;同时成纤维细胞的比例并没有增加,只不过心室组织中增强了细胞外间质的基因表达并促进胶原沉积(造成了解剖学和病理组织学中纤维化的“假象”)
(5)基于细胞因子表达谱的差异,作者预测了细胞间相互作用模型,并找到一些关键分子(可以用于后续的机制研究),将我们观察到的差异表达与患者心脏组织中不良心脏重塑的表型建立因果联系
(6)心肌病患者中的心肌细胞表现出vCM1.0比例偏低,同时心肌细胞亚群在不同基因型患者之间存在DEGs,它们大多与应激诱导的收缩、代谢和一些电生理特性相关,而这些特性正是对应基因型患者的显著临床表现
(7)不同基因中的pv诱发细胞类型和状态特异性反应,改变细胞间通信并促进不同的疾病途径

上一篇 下一篇

猜你喜欢

热点阅读